协议中约定赔偿损失加违约金是合法的，但需遵循一定的限制和原则。以下从不同角度为您详细分析：
合法性基础
在合同关系中，违约金和赔偿损失都是常见的违约责任承担方式。当事人可以在合同中约定一方违约时，应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，并可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这种约定有助于维护合同的严肃性和稳定性，保障合同当事人的合法权益。因此，协议中同时约定赔偿损失和违约金，在形式上并不违反法律规定。
限制与原则
违约金数额的合理性：虽然当事人可以约定违约金，但违约金的数额并非可以随意约定。如果约定的违约金过高，违约方可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少；如果约定的违约金低于造成的损失，守约方也可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加。这是为了平衡双方当事人的利益，避免违约金条款被滥用而造成不公平的结果。
损失赔偿的范围：在约定赔偿损失时，应明确损失赔偿的范围。损失包括直接损失和间接损失，直接损失如因违约导致的现有财产的减少，间接损失如可得利益的丧失等。法院在审理时会综合考虑各种因素，按照公平合理的原则酌情确定损失赔偿的数额。
避免重复赔偿：在同时约定赔偿损失和违约金的情况下，应注意避免重复赔偿。如果违约金已经足以弥补守约方的损失，那么守约方再要求额外的损失赔偿可能得不到法院的支持。反之，如果违约金低于实际损失，守约方可以要求增加违约金或者另行要求损失赔偿。
实际操作建议
明确约定：在协议中应明确约定违约金的具体数额或计算方法，以及损失赔偿的范围和计算方式。这样可以避免在履行过程中产生争议。
合理评估：在约定违约金和损失赔偿时，应合理评估可能产生的损失和违约金的合理性。避免约定过高或过低的违约金，以免在履行过程中产生不必要的纠纷。
及时调整：如果在实际履行过程中发现约定的违约金或损失赔偿不合理，双方应及时协商调整。如果无法达成一致意见，可以寻求法律途径解决。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定如果甲方违约，需要向乙方支付合同总金额10%的违约金，并赔偿乙方因违约产生的实际损失。后来，甲方因故未能履行合同义务，导致乙方产生了直接损失和间接损失共计合同总金额的15%。在这种情况下，乙方可以要求甲方支付合同总金额10%的违约金，并另行要求赔偿剩余的5%损失（如果违约金不足以弥补全部损失的话）。当然，具体数额还需要根据法院的审理和判断来确定。
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