结论：员工和单位签订的劳动合同中明确说明考勤打卡不作为加班记录，这一条款的效力及实际影响需结合具体情况分析，不能一概而论其绝对有效或无效。以下从不同角度进行详细阐述：

1. 条款本身的合法性：

   • 合法情形：如果劳动合同中的这一条款是双方真实意思的表示，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有违背公序良俗，那么该条款在法律上是有效的。这意味着，双方约定考勤打卡不作为加班记录，是基于自愿和平等的原则达成的共识。
   • 违法情形：然而，如果这一条款的设定是为了规避用人单位支付加班费的法定义务，或者存在其他违法情形（如欺诈、胁迫等），那么该条款可能被认定为无效。因为，用人单位不能通过合同条款来免除自己的法定责任。

2. 条款的实际执行与举证责任：

   • 执行问题：即使劳动合同中有这样的条款，但在实际操作中，如果员工能够提供其他证据证明自己存在加班事实（如工作记录、同事证言、电子邮件往来等），那么这些证据仍然可能被仲裁机构或法院采纳，作为认定加班的依据。
   • 举证责任：在劳动争议中，通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。如果员工主张自己存在加班事实，而用人单位否认，那么员工需要承担举证责任。但如果用人单位主张已经按照劳动合同约定支付了加班费，而员工否认，那么用人单位也需要承担相应的举证责任。

3. 对员工权益的影响与应对策略：

   • 影响分析：对于员工而言，如果劳动合同中有这样的条款，可能会在一定程度上增加其主张加班费的难度。因为，考勤打卡记录通常是证明加班事实的重要证据之一。如果这一证据被排除在外，员工可能需要寻找其他证据来支持自己的主张。
   • 应对策略：为了应对这种情况，员工可以在平时工作中注意保留其他与加班相关的证据，如工作记录、电子邮件、短信通知等。同时，在签订劳动合同时，也可以与用人单位进行协商，争取在合同中明确加班费的计算方式和支付标准，以保障自己的合法权益。

4. 特殊情况下的条款效力：

   • 集体合同或规章制度：如果用人单位的集体合同或规章制度中规定了与劳动合同不同的加班记录方式或加班费支付标准，且这些规定对员工更为有利，那么员工可以主张按照集体合同或规章制度的规定执行。
   • 地方性法规或政策：在某些地区，可能存在地方性法规或政策对加班记录或加班费支付有特别规定。如果这些规定与劳动合同中的条款相冲突，且对员工更为有利，那么员工也可以主张按照地方性法规或政策的规定执行。

建议：对于员工而言，在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于加班记录和加班费支付的部分。如果发现合同中有不利于自己的条款，应及时与用人单位进行协商修改。同时，在平时工作中也应注意保留与加班相关的证据，以备不时之需。如果遇到劳动争议问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。