结论：跟中介进厂做不满合同要扣工资这一做法，并不一定合法，具体是否扣工资以及扣工资的合法性，需根据合同的具体条款、相关法律法规以及实际情况来判断。以下从多个角度进行分析：
一、合同条款的合法性
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上可以约定合同条款。但是，这种自由并非绝对，合同条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
扣工资条款的效力：如果合同中明确约定了“做不满合同期限要扣工资”的条款，这一条款是否有效，需看其是否违反了相关法律法规。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位不得随意克扣劳动者的工资。因此，如果合同中的扣工资条款违反了这些规定，那么该条款是无效的。
二、实际扣工资的情况
合法扣工资的情形：在某些特定情况下，用人单位可以依法扣除劳动者的工资，如劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但这种情况下的扣除是有限制的，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
非法扣工资的情形：如果用人单位以劳动者做不满合同期限为由，随意扣除其工资，且扣除的金额或方式违反了相关法律法规的规定，那么这种行为就是非法的。劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位返还被扣除的工资，并可能获得相应的赔偿。
三、劳动者的权益保护
了解合同条款：劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、工作时间、福利待遇等方面的条款，确保自己的权益得到保障。
保留证据：如果劳动者认为用人单位存在非法扣工资的行为，应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以便在维权时提供有力支持。
寻求法律帮助：如果劳动者与用人单位在工资问题上存在争议，可以寻求法律帮助，如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。
建议：如果你遇到了跟中介进厂做不满合同要扣工资的情况，首先应仔细审查合同条款，了解其中的相关规定。如果认为用人单位的行为违反了相关法律法规或合同条款，可以与用人单位进行协商，要求其返还被扣除的工资。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。