在行政诉讼中，若法院认定被告（行政机关）提交的证据存在违法事项，通常会根据违法情形及对案件公正性的影响程度，采取以下处理方式：

1. 排除违法证据
   若证据的取得方式违反法定程序（如非法搜查、胁迫取证、未依法出示证件等），或证据本身属于法律禁止的范畴（如通过窃听获得的私人谈话记录），法院将依据《行政诉讼法》第四十三条第三款及《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第五十七条、第五十八条，直接排除该证据的效力，不得作为认定案件事实的依据。例如，行政机关通过暴力手段获取的证人证言，因严重侵犯公民权利，必然被排除。

2. 要求补充或说明合法性
   若证据的违法性属于程序瑕疵（如未在法定期限内提交、未附证据清单等），但证据内容本身与案件事实相关，法院可能根据《行政诉讼法》第三十六条，要求被告在指定期限内补正或说明合法性。例如，行政机关未在答辩期内提交证据，但庭审中能证明逾期提交系因不可抗力，法院可能允许其补充提交并审查证据效力。

3. 认定行政行为违法并撤销或变更
   若被告提交的违法证据是支撑其行政行为合法性的关键依据（如行政处罚决定书所依据的现场笔录因取证程序违法被排除），且无其他合法证据补强，法院将依据《行政诉讼法》第七十条，认定行政行为主要证据不足，判决撤销或部分撤销该行为，并可责令被告重新作出行政行为。例如，市场监管局以违法制作的检查笔录为依据对商户罚款，法院排除笔录后，因无其他证据证明违法行为存在，将撤销罚款决定。

4. 对违法取证责任人追责（特殊情形）
   若证据违法涉及行政机关工作人员故意伪造、毁灭证据等严重违法行为，法院虽不直接处理责任人，但会依据《行政诉讼法》第六十六条，将相关线索移送监察机关或被告上级机关，建议对责任人依法追责。例如，交警伪造事故现场照片作为处罚依据，法院除排除证据外，还会移送线索追究交警纪律责任。

实务建议：

• 对原告而言，若发现被告证据存在违法情形，应在举证期限内提出书面异议，明确指出违法点（如取证程序、证据形式等），并附法律依据；
  
• 对被告而言，应严格遵循《行政处罚法》《行政强制法》等程序规定取证，避免因证据违法导致行政行为被撤销；
  
• 双方均可申请法院通知取证人员出庭说明情况，或申请鉴定、勘验以核实证据合法性。
  

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