当农村土地承包经营权证的户主去世后，土地的处理方式需依据相关法律法规及具体情况来确定。以下是对此问题的详细解答：
一、家庭承包土地的处理原则
继续承包原则：
- 家庭承包是以农户为生产经营单位进行的。若土地承包经营权是以家庭为单位取得，且承包期内家庭成员未全部消亡（即仍有其他成员在世，并属于该集体经济组织成员），则土地承包经营权不因户主死亡而消灭。其他家庭成员可以继续以该农户的名义，按照原承包合同的约定继续承包经营耕地和草地，发包方不得收回承包地。
林地继承原则：
- 对于林地，其承包经营权可以继承。无论继承人是否为本集体经济组织成员，均可在承包期内继续承包林地，但需办理相关的变更登记手续，以明确其承包经营权的合法地位。
合同约定优先原则：
- 对于通过招标、拍卖、公开协商等方式承包的“四荒地”等其他农村土地，若承包合同中有关于承包人死亡后如何处理土地的约定，则应按照合同约定执行。若合同无约定，则承包人死亡后，其继承人可以在承包期内继续承包。
家庭消亡收归集体原则：
- 若承包土地的家庭成员全部死亡，即家庭整体消亡时，村集体有权收回土地，因为土地承包经营权是基于农户家庭而存在的。
二、特殊情形的处理
个人承包且有合法遗嘱：
- 若土地承包经营权是以个人名义取得，且有合法遗嘱指定继承人，则土地由遗嘱指定的继承人继承，直至承包期满。期满后，发包方有权收回土地。
无约定和遗嘱的情况：
- 若既无家庭承包经营约定，又无合法遗嘱指定继承人，一般情况下，土地将收归农村集体所有。但具体处理还需依据相关法律法规和政策来确定，可能涉及土地权益的重新分配或村集体的决策。
三、办理土地权益继承与变更登记的步骤
确定继承人：
- 依据《中华人民共和国民法典》的继承规定，明确土地权益的合法继承人。这通常涉及法定继承或遗嘱继承，需考虑继承人的范围和顺序。
准备材料：
- 收集身份证、户口本、土地承包经营权证、死亡证明、遗嘱（如有）、继承人关系证明等材料。这些材料是办理继承手续和变更登记的基础。
办理继承手续：
- 携带上述材料至当地土地管理部门或不动产登记机构，按照流程办理土地使用权继承手续。这可能包括提交申请、审核材料、公示等步骤。
更新土地承包经营权证信息：
- 完成继承手续后，土地管理部门将更新土地承包经营权证信息，并发放新的证书给继承人。这标志着土地权益的正式转移。
四、注意事项
土地性质考虑：
- 土地的归属和处理方式还需考虑土地的性质。对于国有土地，通常按照法定继承的相关规定进行处理，但需办理相应的变更登记手续等。而农村土地则主要依据《中华人民共和国土地管理法》及相关政策进行处理。
法律程序遵循：
- 在继承或变更土地承包经营权时，继承人或新的承包人应遵循相关的法定程序，如办理公证、变更登记等手续，以确保其权益的合法性。忽视这些程序可能导致权益无法得到保障或产生法律纠纷。
地区差异：
- 不同地区的具体操作流程和要求可能有所差异。因此，在实际操作中，建议咨询当地农业部门或法律专业人士，以获取更准确的指导和帮助。
综上所述，农村土地承包经营权证户主去世后，土地的处理方式需根据具体情况、土地性质以及相关法律法规和政策来确定。在办理继承和变更登记时，应遵循法定程序并咨询专业人士的意见，以确保权益的合法性和顺利转移。