在综合工时制下，年休假不应算作工时。以下是对这一问题的详细分析：
一、年休假的性质与法律规定
年休假是《职工带薪年休假条例》赋予劳动者的合法权益，旨在保障劳动者在连续工作一定时间后能够有时间休息和放松，恢复体力和精力。根据该条例第二条，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、综合工时制的特点与年休假的关系
综合工时制是一种特殊的工时制度，以一定周期（如周、月、季、年）为单位综合计算工作时间。在这种制度下，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，但具体的工作时间安排更加灵活。然而，年休假作为劳动者的法定休息权利，与工时制度的类型无直接关联。无论企业实行的是标准工时制、不定时工时制还是综合计算工时制，只要职工符合法律规定的休假条件，就有权享受年休假。
三、年休假不计入工时的依据
从工时计算的角度来看：综合工时制下的工时计算主要依据劳动者实际从事工作的时间。年休假期间，劳动者并未实际提供劳动，因此不应将年休假时间计算在工时内。
从保障劳动者休息权利的角度来看：将年休假算作工时违背了设立年休假制度的初衷。如果年休假算工时，可能会导致劳动者无法真正享受到应有的休息时间，从而损害其身心健康和工作效率。
四、实际操作中的注意事项
工资支付：虽然年休假不算工时，但劳动者在年休假期间是享有带薪待遇的。用人单位应按照劳动者正常工作期间的工资收入支付年休假工资报酬。
工时统计与管理：用人单位在统计和管理综合工时制下的工时情况时，应明确区分正常工作时间、加班时间和年休假时间等不同的时间类别。这有助于确保工时计算的准确性和合规性，并在发生劳动争议时提供有力的证据支持。
合理安排工作与休息：用人单位应合理安排员工的工作和休息时间，确保劳动者在综合计算周期内既能完成工作任务，又能享受到充分的休息。这有助于提高劳动者的工作效率和满意度，同时降低因过度劳累而导致的健康问题和安全风险。
五、特殊情况的处理
虽然一般情况下综合计算工时制下的年假不需要扣除，但如果劳动合同中有特别且合法的约定（如对于综合计算工时制下的年休假有特别的计算方法或扣除规定），则需要按照劳动合同的约定来执行。然而，这些约定必须符合国家法律法规对于年休假的基本规定，不能侵犯劳动者的合法权益。
综上所述，在综合工时制下，年休假不应算作工时。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的休息权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。