建设工程司法解释第44条能够适用于多层违法分包或转包的情形。以下是对此问题的详细分析：
一、法律条文解读
建设工程司法解释第44条主要规定了实际施工人向发包人主张权利的相关内容。其中，关键在于理解“实际施工人”以及“发包人”在多层违法分包或转包情形下的界定。
实际施工人：通常指的是在建设工程中，实际投入资金、材料和劳力进行工程施工的企业或个人。在多层违法分包或转包的情况下，实际施工人可能是最底层的承包商或施工队伍，他们直接完成了工程的建设任务。
发包人：在多层违法分包或转包中，发包人可能并非最初签订建设工程合同的主体，而是经过多层转包或分包后的最终业主或建设单位。然而，从法律解释的角度来看，只要存在违法分包或转包的行为，且实际施工人无法从其直接合同相对方（即违法分包人或转包人）处获得工程款，实际施工人就有权依据司法解释的规定向发包人主张权利。
二、多层违法分包或转包的适用性
在多层违法分包或转包的情况下，虽然合同关系变得复杂，但实际施工人的权益保护仍然至关重要。司法解释第44条的立法目的在于保护实际施工人的合法权益，防止因违法分包或转包导致实际施工人无法获得应有的工程款。
合同相对性原则的突破：在多层违法分包或转包中，如果严格遵循合同相对性原则，实际施工人可能只能向其直接合同相对方主张权利。然而，由于违法分包或转包的存在，直接合同相对方可能无力支付工程款或拒绝支付。此时，允许实际施工人突破合同相对性原则，向发包人主张权利，有助于保护其合法权益。
发包人的责任：发包人作为建设工程的最终受益者，在多层违法分包或转包中，即使其并未直接参与违法分包或转包行为，也应承担一定的责任。这种责任并非基于合同关系，而是基于公平原则和保护实际施工人权益的立法目的。
三、实际操作中的注意事项
证据收集：实际施工人在主张权利时，应充分收集证据证明其实际施工的事实以及违法分包或转包的存在。这些证据可能包括施工合同、工程款支付记录、现场施工照片、证人证言等。
法律程序：实际施工人应通过合法的法律程序主张权利，如提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，应充分阐述自己的主张和理由，并提供相应的证据支持。
风险防范：对于发包人而言，应加强对建设工程承包商的资质审查和管理，避免违法分包或转包行为的发生。同时，在签订建设工程合同时，应明确约定各方权利义务和违约责任，以降低法律风险。
总结来说，建设工程司法解释第44条能够适用于多层违法分包或转包的情形。在实际操作中，实际施工人应充分收集证据并通过合法程序主张权利；发包人则应加强风险防范和管理以避免法律纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。