针对您提出的“农户自产自销农产品带箱子成本开免税发票是否合法”的问题，我们需要从几个方面来详细分析：
首先，我们要明确的是，自产自销的农产品确实可以享受免征增值税的政策。这是根据《中华人民共和国增值税暂行条例》(2017年修订版)第十五条的规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。这里的“自产农产品”指的是直接从事植物的种植、收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品。
然而，在开具免税发票时，有几个关键点需要注意：
发票内容必须真实反映交易情况：
- 如果农户销售的是自产农产品，并且这些农产品是带箱子一起销售的（即箱子作为农产品销售的一部分，如包装好的水果、蔬菜等），那么发票上应明确注明是“自产农产品（带箱子）”或类似描述，以真实反映交易内容。
- 如果箱子是单独计价或作为额外服务提供的，那么这部分费用可能不属于免税范围，需要按照相关规定缴纳增值税。
不得将外购或加工后的产品误认为自产农产品开具免税发票：
- 根据政策规定，对单位和个人销售的外购的农业产品，以及单位和个人外购农业产品生产、加工后销售的仍然属于注释所列的农业产品，不属于免税的范围。
- 因此，如果农户销售的农产品中包含了外购或加工后的产品，这部分产品不能开具免税发票。
免税农产品应开具增值税普通发票，而非专用发票：
- 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》(2017年修订版)第二十一条的规定，发生应税销售行为适用免税规定的，不得开具增值税专用发票。
- 自产自销农产品适用免征增值税政策，因此应按规定开具免税的增值税普通发票。
混合核算自产与外购农产品销售额时，需分别核算：
- 如果农户同时销售自产和外购的农产品，必须分别核算两者的销售额。
- 未分别核算销售额的，根据政策规定，不得享受免税优惠。
结论：
农户自产自销农产品带箱子成本开免税发票，在符合以下条件的情况下是合法的：
- 农产品确实是自产的；
- 箱子是作为农产品销售的一部分（如包装），且未单独计价或作为额外服务提供；
- 开具的是免税的增值税普通发票；
- 如果同时销售自产和外购的农产品，已分别核算两者的销售额。
如果农户在开具免税发票时违反了上述任何一项规定，都可能面临税务风险。因此，建议农户在开具发票前仔细了解相关政策规定，并确保发票内容真实、准确、完整地反映交易情况。如有必要，可以咨询当地税务机关或专业税务人士的意见。