结论：跟总公司签订的合同，款项能否付给分公司，主要取决于合同的具体约定、总公司的授权情况以及是否遵循了相关法律法规。在合法合规且双方协商一致的前提下，款项是可以支付给分公司的。
一、法律层面的分析
分公司的法律地位：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着分公司作为总公司的附属机构，在财务和业务上与总公司紧密相连，因此总公司付款给分公司在法律上不存在根本性障碍。
合同约定的收款方：
- 合同中明确约定的收款方是决定款项支付的关键。若合同明确规定付款对象为总公司，则不得擅自将款项支付给分公司，否则可能构成违约。反之，若合同明确允许或指定分公司为收款方，则付款给分公司是符合合同约定的。
二、实际操作中的考虑因素
总公司的授权：
- 分公司因不具备法人资格，无法独立承担法律责任，因此在涉及款项支付等重大事项时，需获得总公司的明确授权。这种授权可以是书面的，也可以是双方在交易过程中形成的惯例。
税务风险：
- 总公司付款给分公司时，必须确保交易的真实性和合理性，以避免被税务机关认定为虚开发票等违规行为。同时，如果分公司提供了服务或货物，应按照规定开具发票，保证税务处理的合规性。税法要求付款时保持合同主体、付款流、发票流一致，以规避税务风险。
财务核算：
- 总公司和分公司需做好财务核算工作，准确记录款项的性质和用途。明确款项是用于分公司的运营成本、项目支出还是其他方面，以确保财务报表的准确性和透明度。
第三方权益：
- 如果合同涉及第三方利益，如担保、保险等情况，付款给分公司可能需要通知第三方并获得其同意，以避免引发不必要的法律纠纷。
三、建议与风险提示
充分协商：
- 签订合同的双方应就款项支付事宜进行充分协商，确保双方对支付方式、金额、时间等关键条款达成一致。如果可能的话，将付款给分公司的条款明确写入合同中。
建立审批流程：
- 总公司应建立严格的审批流程，对分公司提交的合同及付款申请进行审查，确保合同内容合法合规，付款手续齐全。
完善财务管理制度：
- 分公司应建立完善的财务管理制度，确保接收到的款项用于合法合规的用途，并定期向总公司报告财务状况和运营情况。
风险提示：
- 在支付款项时，应确保款项的合法性和合规性，遵守相关税收法规、财务管理制度以及反洗钱等法律法规的规定。同时，要仔细核对账户信息，确保资金安全，避免发生资金挪用、诈骗等风险事件。
举例说明：假设A公司与B总公司签订了一份销售合同，合同中明确约定款项应支付给B总公司。但在实际履行过程中，B总公司因内部财务安排，希望A公司将款项支付给其下属的C分公司。此时，A公司应要求B总公司出具书面授权文件，明确允许将款项支付给C分公司，并确保该授权文件符合合同法和公司法的相关规定。同时，A公司还应与C分公司确认收款账户信息，确保资金安全支付。
总之，跟总公司签订的合同款项能否付给分公司，需综合考虑合同约定、总公司授权情况以及法律法规的要求。在确保合法合规、双方协商一致并建立了完善的财务管理制度的前提下，可以将款项支付给分公司。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。