结论：在合同约定以商业承兑汇票支付的情况下，法院能否判决以现金支付款项，需根据具体情况判断，一般情况下，若合同有效且未违反法律法规强制性规定，法院会尊重合同约定，判决以商业承兑汇票支付；但在特定情形下，如商业承兑汇票无法兑现、合同存在无效或可撤销情形等，法院可能判决以现金支付款项。
分析说明：
合同约定优先原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，在合同明确约定以商业承兑汇票支付的情况下，法院通常会尊重合同约定，判决以商业承兑汇票支付款项。
商业承兑汇票无法兑现的情形：
- 如果商业承兑汇票因出票人账户余额不足、票据被拒绝承兑或付款等原因无法兑现，导致收款人无法实际获得款项，此时收款人可以依据合同法和票据法的相关规定，向法院提起诉讼，要求付款人以现金方式支付款项。法院在审理此类案件时，会综合考虑合同履行情况、票据状态以及双方当事人的过错程度等因素，作出合理判决。
合同存在无效或可撤销情形的：
- 如果合同存在无效或可撤销的情形，如因欺诈、胁迫、显失公平等原因导致合同无效或被撤销，那么合同中关于支付方式的约定也将失去效力。此时，收款人可以要求付款人以现金方式支付款项，法院也会根据实际情况作出相应判决。
法律建议：
- 对于收款人：在签订合同时，应明确约定支付方式及违约责任，确保在商业承兑汇票无法兑现时能够及时采取法律措施维护自身权益。同时，在收到商业承兑汇票后，应及时进行承兑和付款提示，避免因票据过期或遗失等原因导致无法兑现。
- 对于付款人：应确保商业承兑汇票的出票和承兑行为符合法律法规和合同约定，避免因票据问题引发纠纷。在合同履行过程中，应积极与收款人沟通协商，共同解决可能出现的问题。
后续行动与可能后果：
- 如果收款人认为商业承兑汇票无法兑现或合同存在无效、可撤销情形，可以向法院提起诉讼，要求付款人以现金方式支付款项。法院在审理此类案件时，会依法进行调查和审理，并根据实际情况作出判决。
- 如果法院判决付款人以现金方式支付款项，付款人应按时履行判决义务，否则可能面临强制执行等法律后果。同时，收款人也有权依法申请强制执行，维护自身合法权益。
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