结论：医学实习生在休息天加班是否违法，需根据具体情况判断，主要取决于实习生与实习单位之间的法律关系以及加班的具体安排。
分析：
实习生与实习单位的法律关系：
- 若实习生与实习单位构成劳动关系：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者享有休息休假的权利。用人单位安排劳动者加班，需遵循法定程序，如与劳动者协商一致，并支付相应的加班费。若医学实习生与实习单位构成劳动关系，且未经协商一致被安排在休息天加班，且未获得相应加班费，则可能构成违法。
- 若实习生与实习单位不构成劳动关系：实习生与实习单位之间可能仅构成教育或培训关系，而非劳动关系。在此情况下，实习生的权益保护可能不受《劳动法》的直接调整，而是依据双方签订的实习协议或相关教育法规。若实习协议中未明确规定加班事宜，或实习生同意在休息天加班，则可能不构成违法。但实习单位仍应遵循公平、合理原则，保障实习生的基本权益。
加班的具体安排：
- 加班时长与频率：即使实习生与实习单位构成劳动关系，加班的时长和频率也需符合法律规定。例如，根据《劳动法》的规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。若医学实习生在休息天的加班时长或频率超过法定限制，则可能构成违法。
- 加班补偿：根据《劳动法》的规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。若医学实习生在休息天加班未获得相应加班费，则可能构成违法。
建议：
- 对于实习生：在签订实习协议前，应仔细阅读协议条款，了解自己的权益和义务。若实习单位安排加班，应与实习单位协商一致，并确保获得相应的加班费。若认为自己的权益受到侵害，可向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 对于实习单位：应遵守相关法律法规，保障实习生的基本权益。在安排加班时，应与实习生协商一致，并支付相应的加班费。同时，应合理安排加班时长和频率，避免过度加班对实习生的身心健康造成影响。
后续行动：若您作为医学实习生或实习单位，在加班问题上存在疑问或争议，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。