在劳动仲裁中，工资赔偿的计算通常是基于应得工资，而非仅实发工资或综合工资中的某一项，具体需结合实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、工资构成与计算依据
工资构成：员工的工资通常由基本工资（底薪）、绩效工资、奖金、津贴和补贴等部分构成。这些部分共同构成了员工的应得工资。
计算依据：在劳动仲裁中，工资赔偿的计算主要依据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规的规定。根据这些规定，经济补偿金或赔偿金通常是按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资来计算的。这里的“平均工资”指的是应发工资，即包括基本工资、绩效工资、奖金、津贴和补贴等所有货币性收入。
二、不同赔偿项目的计算方式
经济补偿：
- 计算标准：根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资定义：月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，包括全额工资、绩效工资等所有货币性收入组成部分。
违法解除或终止劳动合同赔偿：
- 若用人单位违反《劳动合同法》的规定解除或终止劳动合同，根据第八十七条，用人单位需支付经济补偿标准的二倍作为赔偿金。这里的计算基数同样是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
加班工资与未休年假工资报酬：
- 加班工资的计算基数一般按劳动合同约定确定，但不得低于当地最低工资标准；若无明确约定，通常按正常出勤月工资的70%计算（但具体比例可能因地区而异），同样不得低于最低工资标准。不过，在劳动仲裁中计算赔偿时，若涉及加班工资，通常会考虑其作为应得工资的一部分。
- 未休年假工资报酬的日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算。这里的月工资特指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资，但这也反映了应得工资的概念。
三、实际案例与分析
- 案例一：某员工因公司违法解除劳动合同而申请劳动仲裁，要求支付经济赔偿金。在计算赔偿金时，仲裁委考虑了该员工过去十二个月的平均工资，包括基本工资、绩效工资和奖金等，最终按照这一平均工资标准计算了赔偿金数额。
- 案例二：另一名员工因公司拖欠工资而申请劳动仲裁，要求支付拖欠的工资及相应的赔偿。在仲裁过程中，公司主张只按照基本工资支付拖欠的工资，但仲裁委认为应按照应得工资（包括基本工资、绩效工资等）来计算拖欠的工资数额。
四、特殊情况与处理原则
- 试用期工资：如果劳动者在试用期内被解雇，且解雇不符合法律规定，那么赔偿金的计算基数应为试用期内的应得工资，包括基本工资和可能的绩效奖金等。
- 月平均工资低于最低工资标准：如果劳动者的月平均工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准计算经济补偿或赔偿金。
建议：
- 在劳动仲裁过程中，劳动者应尽可能提供完整的工资记录，包括工资条、银行转账记录等，以证明自己的应得工资水平。
- 如果用人单位主张只按照基本工资或实发工资计算赔偿，劳动者可以依据相关法律法规和自己的工资记录进行反驳，并要求按照应得工资进行计算。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。