在劳动仲裁中，赔偿的计算通常是按照应发工资来进行的，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、应发工资与实发工资的定义
- 应发工资：指员工在工作期间应得的全部报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入，但不包含个人所得税、社会保险等扣除项。这是劳动者提供正常劳动后，依法应当获得的工资总额。
- 实发工资：是员工实际收到的工资，已经扣除了个人所得税、社会保险费等费用。
二、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，这包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。这一规定明确了在劳动仲裁中，赔偿的计算基数应为应发工资。
三、具体计算方式
经济补偿金：
- 计算基数：以劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资为基数，这里的“工资”特指应发工资。
- 计算标准：每满一年支付一个月工资的经济补偿；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。若劳动者月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金的标准按该三倍数额支付，且最高支付年限不超过十二年。
其他赔偿项目：
- 如未休年假工资报酬、加班工资、二倍工资差额以及违法解除或终止劳动合同的赔偿等，其计算基数也通常遵循应发工资的原则，但具体计算方式可能因赔偿项目而异，需结合相关法律法规和具体情况进行判断。
四、特殊情况处理
- 试用期工资：如果劳动者在试用期内被解雇，且解雇不符合法律规定，那么赔偿金的计算基数应为试用期内的应得工资，包括基本工资和可能的绩效奖金等。
- 加班工资：加班工资是否计入赔偿金的计算基数存在争议，但一般而言，加班工资作为劳动者正常工作时间的额外报酬，也应计入应发工资的范畴。不过，具体处理需参考当地司法实践。
- 工资不固定或不确定的情况：在某些特殊情况下，如劳动者工资存在不固定、不确定的情况，或用人单位故意压低、抬高工资以影响经济补偿金计算时，仲裁机构或法院会综合考虑各种因素，合理确定经济补偿金的计算基数。
五、实际案例与分析
在实际操作中，仲裁机构或法院通常会根据劳动者的应发工资来计算赔偿金额。例如，某员工因公司违法解除劳动合同而申请劳动仲裁，要求支付经济赔偿金。在计算赔偿金时，仲裁委考虑了该员工过去十二个月的平均工资，包括基本工资、绩效工资和奖金等，最终按照这一平均工资标准计算了赔偿金数额。
总结与建议：
在劳动仲裁中，赔偿的计算通常是按照应发工资来进行的。因此，劳动者在申请劳动仲裁时，应尽可能提供完整的工资记录，包括基本工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入，以便准确计算赔偿金额。同时，如果劳动者对赔偿金额的计算存在疑问或争议，可以及时向专业的劳动法律师咨询，以维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。