公司规定休假期间不计入年终奖基数是否合法，需分情况讨论：
劳动合同或规章制度有明确约定
- 如果劳动合同中明确规定了年终奖的计算方式，且明确指出休假期间不计入年终奖基数，或者公司的规章制度（如员工手册、薪酬制度等）中有类似规定，并且这些规定已经通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）并公示或告知了劳动者，那么这种规定通常是合法的。因为劳动合同和规章制度是用人单位与劳动者之间约定权利义务的重要依据，只要不违反法律法规的强制性规定，双方都应遵守。
劳动合同或规章制度无明确约定
- 如果劳动合同和规章制度中均未明确规定休假期间不计入年终奖基数，而公司单方面作出这样的规定，那么这种规定可能缺乏合法性依据。年终奖作为劳动者劳动报酬的一部分，其计算方式应当遵循公平、合理的原则，并且不得违反法律法规的强制性规定。如果公司单方面改变年终奖的计算方式，且未与劳动者协商一致，可能构成对劳动者权益的侵犯。
法律法规的约束
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。年终奖作为劳动报酬的一部分，也应当遵循这一原则。如果公司的规定违反了法律法规的强制性规定，如未按照劳动合同约定支付年终奖，那么这种规定是违法的，劳动者有权要求公司按照劳动合同约定支付年终奖。
法律建议：
- 对于劳动者：如果公司规定休假期间不计入年终奖基数，且你认为这种规定不合法或不合理，你可以先查阅劳动合同和公司的规章制度，了解是否有相关规定。如果没有相关规定或规定不明确，你可以与公司进行协商，要求公司按照公平、合理的原则计算年终奖。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：在制定年终奖计算方式时，应当遵循公平、合理的原则，并确保与劳动合同和规章制度的规定一致。如果需要对年终奖计算方式进行变更，应当与劳动者协商一致，并确保变更后的规定不违反法律法规的强制性规定。
可能后果：
- 如果公司规定休假期间不计入年终奖基数被认定为违法或不合理，公司可能需要按照劳动合同约定或实际工作情况向劳动者支付年终奖差额，并可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁的裁决。
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