结论前置：在商铺出租合同中约定乙方（承租方）付税费，只要该约定是双方平等、自愿、协商一致的结果，且不违反法律法规的强制性规定，通常是合法有效的。但需注意，这种约定不能改变税法规定的纳税义务人的身份，对外甲方（出租方）仍是法定的纳税义务人。

一、合法性分析

1. 意思自治原则：合同双方在平等、自愿的基础上，有权对税费的承担方式进行约定。这种约定属于合同双方意思自治的范畴，只要不违反法律法规的强制性规定，即具有法律效力。

2. 纳税义务人的身份：尽管合同可以约定税费由乙方承担，但根据税法规定，房屋租赁涉及的主要税种（如增值税、个人所得税、房产税等）的纳税义务人通常是出租人（甲方）。这意味着，对外而言，甲方仍然是法定的纳税义务人，需要承担相应的法律责任。如果租赁合同中的税费承担条款与税收法律规定相抵触，该条款在对外效力上可能会受到限制，但不影响合同内部的效力，即甲方缴纳后，可依据合同向乙方追偿。

二、税费种类及处理

1. 常见税费：

   • 增值税：一般纳税人提供不动产租赁服务需缴纳，若合同约定由乙方承担，则乙方需支付此费用给甲方。
   • 个人所得税：个人出租房产取得的租金收入需缴纳，计算方式复杂，若合同约定由乙方承担，则乙方需支付。
   • 房产税：以房产租金收入为计税依据，税率为12%（具体税率可能因地区而异），若合同约定由乙方承担，则乙方需支付。

2. 纳税申报与发票问题：虽然乙方承担税费，但纳税申报通常以法定纳税义务人（甲方）为申报主体。甲方收到乙方支付的税费后，应进行纳税申报并缴纳，同时提供给乙方完税凭证和发票，以确保税费的合法性和透明性。

三、风险防范及应对建议

1. 合同条款明确化：在合同中明确约定具体承担的税费种类、计算方式、缴纳时间和方式等，避免使用模糊表述，以减少后续争议的可能性。

2. 了解税收政策：乙方在签订合同前应充分了解相关税费政策，评估自身承担税费的能力。如有需要，可以咨询专业的税务顾问或律师，以确保合同的合法性和有效性。

3. 争议解决：合同中应约定因税费承担问题产生争议的解决方式，如协商、仲裁或诉讼，并明确违约责任。这样可以在争议发生时，迅速、有效地解决问题，保护双方的合法权益。

4. 保留凭证和记录：双方应保留好税费缴纳的凭证和记录，以确保税费的及时足额缴纳，并作为后续可能产生的争议的依据。这有助于维护合同的稳定性和双方的信任关系。

总结：商铺出租合同中约定乙方付税费，在符合法律法规的前提下是有效的。但双方需明确约定并遵守相关法律法规，以降低法律风险并确保税费的正确缴纳。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。