在检察院作出存疑不起诉决定后，刑事案件卷宗的处理及相关法律规定是一个涉及多个方面的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：
一、存疑不起诉决定的含义与条件
存疑不起诉，又称证据不足的不起诉，是刑事诉讼法中的一项重要制度。它指的是检察机关在审查案件时，认为经过补充侦查后，证据仍然不足，不符合起诉条件，因此决定不起诉。这一决定旨在保障犯罪嫌疑人的合法权益，防止冤假错案的发生。
作出存疑不起诉决定需满足一系列条件，包括：
证据方面：
- 证据不符合起诉标准，即犯罪事实并非由充分证据证明存在。
- 证据不确实、不充分，存在疑问或证明力不足。
- 证据之间相互矛盾，无法合理排除矛盾点。
- 基于现有证据得出的结论不是唯一的，存在其他合理解释或可能性。
- 根据证据认定的事实明显违反逻辑或常识经验。
程序方面：
- 补充侦查程序已完成，且以二次为限。
- 存疑不起诉的决定需经过检察长或检察委员会的集体讨论和决策。
二、存疑不起诉后刑事案件卷宗的处理
对被不起诉人的处理：
- 若犯罪嫌疑人在押，应立即释放。
- 若之前对其采取了取保候审、监视居住等强制措施，也应及时解除。
- 相关部门应积极采取措施，如发布通报、恢复名誉等，以尽量消除因该案件给被不起诉人带来的不良影响。
对涉案财物的处理：
- 侦查过程中查封、扣押、冻结的财物，若与案件无关或不再需要作为证据使用，应及时返还给被不起诉人或其家属。
- 对于仍需作为证据保存的财物，应按法定程序妥善保管，不得挪用或自行处理。待案件相关程序终结后，再根据具体情况作出相应处理。
卷宗的归档与保管：
- 存疑不起诉决定作出后，相关卷宗应按照规定进行归档和保管。这些卷宗是案件的重要记录，对于后续可能的侦查、追诉或审查具有重要价值。
- 卷宗的保管应遵循保密、安全、完整的原则，确保卷宗内容不被泄露或损坏。
三、相关法律规定
《中华人民共和国刑事诉讼法》：
- 该法规定了存疑不起诉的条件和程序，包括证据标准、补充侦查程序、决定程序等。
- 同时，该法也规定了被不起诉人的权利保障措施，如立即释放、解除强制措施等。
其他相关法律法规：
- 除了刑事诉讼法外，还有一些与刑事诉讼相关的法律法规，如《人民检察院刑事诉讼规则》等，也对存疑不起诉后的卷宗处理、涉案财物处理等方面作出了具体规定。
四、后续侦查与追诉
存疑不起诉并非案件的彻底终结。若检察院后来发现新证据且符合起诉条件，可提起公诉。同样，侦查机关若发现新证据材料，也可重新移送检察院审查起诉。检察院经审查认为符合起诉条件的，应当提起公诉。
五、被害人与公安机关的救济途径
被害人的救济途径：
- 被害人若不服检察院的存疑不起诉决定，可在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院提出申诉，请求提起公诉。
- 被害人亦可选择不经申诉，直接向人民法院提起自诉。
公安机关的复议、复核：
- 公安机关若认为检察院的不起诉决定有误，可以要求复议。
- 若复议意见不被接受，可向上一级人民检察院提请复核。
综上所述，检察院作出存疑不起诉决定后，刑事案件卷宗的处理需遵循相关法律法规的规定，确保卷宗的归档、保管和后续使用符合法律要求。同时，各相关方也应依据法律规定行使权利，确保法律的正确实施与公正执行。