村委会扣留农村房产证的行为是不合法的，权利人应依法维护自己的合法权益。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
房产证的性质与归属：
- 房产证是房屋所有权的法定凭证，它证明了权利人对该房屋享有合法的物权。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明，其合法权益受法律保护。因此，村委会无权扣留属于村民个人的房产证。
物权保护原则：
- 物权保护原则是法律的基本原则之一，它要求国家、集体、私人的物权和其他权利人的物权受法律平等保护，任何组织或者个人不得侵犯。村委会作为基层群众性自治组织，并不具备扣留他人物权的权力。如果村委会扣留了房产证，就侵犯了权利人的物权，这是不合法的。
村委会的权限范围：
- 村委会的主要职责是办理本村的公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安等。它并没有法律赋予的扣留他人房产证的权力。村委会如果超出其职责范围，侵犯了他人的物权，就需要承担相应的法律责任。
特殊情形的分析：
- 尽管在某些特殊情况下，如存在村民之间的土地纠纷或房屋产权纠纷时，村委会可能会出于解决纠纷的目的而暂时扣留房产证。但这种做法仍然缺乏明确的法律依据，且可能侵犯权利人的合法权益。正确的做法应该是通过合法的途径，如协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决纠纷，而不是扣留房产证。
- 另外，村规民约也必须在法律的框架内制定和实施，不能与国家的法律法规相抵触。如果村规民约中存在扣留房产证的相关规定，这样的规定是无效的，权利人可以依法维护自己的权益。
权利救济途径：
若村委会非法扣留了房产证，权利人可以采取以下措施来维护自身权益：
- 与村委沟通协商：首先尝试与村委进行沟通，了解扣留房产证的原因，并要求其归还。这是解决纠纷的第一步，也是最为直接和简便的方式。
- 向相关部门反映：若村委拒绝归还房产证，权利人可向当地政府部门（如乡镇人民政府、街道办事处、土地管理部门、房产管理部门等）反映情况，请求协助解决。这些部门有义务对权利人的诉求进行调查和处理。
- 提起法律诉讼：若上述措施均无法解决问题，权利人可依法向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，权利人需要提供充分的证据来证明自己的权益受到了侵害，并要求村委归还房产证及赔偿因此造成的损失。人民法院将根据事实和法律规定作出公正的裁决。
综上所述，村委会扣留农村房产证的行为是不合法的，权利人应依法维护自己的权益。在遇到此类问题时，权利人应保持冷静和理性，采取合法有效的措施来解决问题。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。