违规办理病退十六年被查出，将面临行政处分、社保待遇追回及可能的刑事责任，具体处理方式需结合违规情节、后果及现行法规综合判断。以下从不同角度展开分析：

一、行政处分与纪律责任

若违规病退涉及伪造医疗证明、虚构病情或利用职务便利等行为，且行为人属于公务员、事业单位工作人员或国有企业员工，根据《行政机关公务员处分条例》《事业单位工作人员处分暂行规定》等规定，可能面临警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等行政处分。例如，若行为人通过贿赂医生伪造病历，除处分外，还可能因“行贿罪”被追究刑事责任。

二、社保待遇追回与经济处罚

违规领取的病退待遇（如养老金、医疗补助）属于“不当得利”，社保部门有权依据《社会保险法》第八十八条要求全额退还，并可能加收滞纳金或罚款。若行为人拒不退还，社保部门可申请法院强制执行。例如，若十六年间累计领取养老金50万元，需一次性退还，并可能面临5万-25万元的罚款（按领取金额的10%-50%计算）。

三、刑事责任风险

若违规行为涉及诈骗、贪污或滥用职权，且数额较大或情节严重，可能触犯《刑法》：

1. 诈骗罪：若通过虚构事实、隐瞒真相骗取社保待遇，数额达到3000元至1万元以上（各地标准不同），可处三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金；数额巨大（3万-10万元以上）或特别巨大（50万元以上），可处三年以上十年以下有期徒刑或无期徒刑。
2. 贪污罪：若行为人系国家工作人员，利用职务便利骗取社保资金，数额达到3万元以上，可处三年以下有期徒刑或拘役；数额巨大（20万元以上）或特别巨大（300万元以上），可处十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑。
3. 滥用职权罪：若行为人系国家机关工作人员，违规审批病退导致公共财产、国家和人民利益遭受重大损失（如造成30万元以上经济损失或1人以上重伤），可处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别严重，可处三年以上七年以下有期徒刑。

四、历史政策与追溯时效

需注意，若违规行为发生在《社会保险法》（2011年实施）或《刑法修正案（九）》（2015年实施）之前，可能适用“从旧兼从轻”原则，即按行为时的法律处理，但若新法处罚更轻，则适用新法。此外，社保部门对违规行为的追溯期通常为5年，但若涉及诈骗等犯罪，刑事追诉期可能长达20年（数额巨大或特别巨大时）。

五、建议处理步骤

1. 主动退还：若已领取待遇，建议尽快联系社保部门退还，并说明情况，争取从轻处理。
2. 配合调查：若被立案调查，需如实陈述事实，避免伪造证据或串供，否则可能加重处罚。
3. 法律辩护：若面临刑事指控，可委托律师分析证据链是否完整、行为是否构成犯罪，争取不起诉、缓刑或减轻处罚。

提示：具体处理需结合违规细节（如是否主动退还、是否造成严重后果等）及当地政策，建议提供更多信息以便进一步分析。