合同约定绩效工资被扣，申请劳动仲裁是有用的，但具体效果取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动仲裁的法律依据与适用范围
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因劳动报酬等发生的争议属于劳动争议范畴，可依法申请劳动仲裁。绩效工资作为劳动报酬的一部分，若用人单位无故克扣或扣除依据不明确，劳动者完全有权通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。
二、绩效工资被扣的常见情形及合法性判断
合法扣除情形：
- 绩效考核不达标且制度明确：如果公司的绩效考核制度明确规定了考核标准、流程以及不达标时的处理措施，且这些制度已经向劳动者公示或告知，那么因绩效考核不达标而扣除绩效工资是合法的。
- 严重违反公司规章制度：如果劳动者严重违反了公司的规章制度，且该规章制度与绩效工资的扣除有直接关联，那么公司扣除绩效工资也是合法的。
- 造成重大经济损失：如果劳动者的行为给公司造成了重大经济损失，且公司有明确的规章制度规定在此情况下可以扣除绩效工资，那么这种扣除也是合法的。
非法扣除情形：
- 无明确考核标准或流程：如果公司没有明确的绩效考核标准或流程，或者这些标准、流程没有向劳动者公示或告知，那么扣除绩效工资就是非法的。
- 未公示考核结果：即使公司有绩效考核制度，但如果未将考核结果公示或告知劳动者，劳动者对扣除绩效工资有异议的，这种扣除也是非法的。
- 恶意压低评分：如果公司恶意压低劳动者的绩效考核评分，以达到扣除绩效工资的目的，这种扣除同样是非法的。
- 与工作表现无关的个人原因扣款：如果公司因与劳动者工作表现无关的个人原因（如个人恩怨、偏见等）而扣除绩效工资，这种扣除也是非法的。
三、劳动仲裁的有效性条件
- 证据充分性：劳动者需要提供充分的证据来证明公司扣除绩效工资是不合理的。这些证据可以包括劳动合同、工资条、绩效考核记录、公司规章制度等。例如，如果劳动者能够提供考勤记录和任务完成证明来反驳公司“工作态度差”的扣款理由，那么劳动仲裁的成功率就会大大提高。
- 程序合规性：公司扣除绩效工资的程序必须合规。如果公司未提前告知劳动者考核标准、未给予劳动者申诉机会或者未按照规定的程序进行扣除，那么即使公司存在相关的规章制度，也可能被认定违法。
- 时效要求：劳动者需要在知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。如果逾期提出，可能会丧失胜诉权。
四、劳动仲裁的实际作用
- 追回损失：如果劳动仲裁成功，劳动者可以追回被扣除的绩效工资差额，甚至可能获得经济补偿金。根据成功案例显示，70%以上的合理诉求可获得支持。
- 规范用工：劳动仲裁结果可以促使企业完善考核制度，避免类似纠纷再次发生。这对于维护劳动市场的秩序和公平具有重要意义。
- 法律威慑：即使劳动者的部分诉求未获支持，劳动仲裁也能引起企业对劳动法规的重视，从而在一定程度上起到法律威慑的作用。
建议：如果你遇到了合同约定绩效工资被扣的情况，且认为这种扣除是不合理的，那么你可以积极收集证据，并在知道权利被侵害之日起一年内提出劳动仲裁申请。如果你在准备证据或申请过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。