您好，关于您提出的企业按公积金缴存基数下限缴纳是否合法的问题，这需要根据具体的政策规定和实际情况来分析。

首先，我们需要明确的是，住房公积金的缴存基数并非可以随意设定的。根据相关规定，住房公积金缴存基数应为职工本人上一年度月平均工资。这一规定确保了公积金缴存的公平性和合理性，反映了职工的实际收入水平。同时，为了保障职工的基本权益，政策也设定了公积金缴存基数的下限，即不得低于市人力资源和社会保障部门公布的上一年度月最低工资标准。

现在，针对您提出的问题进行具体分析：

1. 企业按公积金缴存基数下限缴纳是否合法：

   • 如果企业的做法是符合当地政策规定的，即按照市人力资源和社会保障部门公布的上一年度月最低工资标准作为公积金缴存基数，并且这一标准确实反映了职工的实际收入情况（例如，某些职工的月平均工资确实接近或等于最低工资标准），那么这种做法是合法的。
   • 然而，如果企业故意将公积金缴存基数设定为最低工资标准，而实际上职工的月平均工资远高于这一标准，那么这种做法就可能违反了公积金缴存的相关规定，损害了职工的合法权益。

2. 关于不以实发工资作为基数去缴纳公积金是否合规：

   • 一般来说，公积金的缴存基数应该是职工的上一年度月平均工资，而不是实发工资。但这里的“月平均工资”应该是一个相对准确反映职工实际收入水平的数值，而不是简单地以最低工资标准或某个固定数值来替代。
   • 如果企业以低于职工实际月平均工资的标准（如最低工资标准）作为公积金缴存基数，而职工的实际收入远高于这一标准，那么这种做法是不合规的。

3. 关于深户的公积金缴纳基数和比例是否有明文规定：

   • 无论是深户还是非深户，公积金的缴纳基数和比例都应遵循当地的相关政策规定。这些规定通常会明确公积金的缴存基数范围、缴存比例以及调整机制等。
   • 具体来说，深圳市的住房公积金缴存基数不得低于市人力资源和社会保障部门公布的上一年度月最低工资标准，不得超过市统计部门公布的上一年度全市在岗职工月平均工资的3倍。缴存比例则根据企业的实际情况和政策规定来确定。

综上所述，企业按公积金缴存基数下限缴纳是否合法，取决于这一标准是否真实反映了职工的实际收入水平。如果企业故意以低于职工实际月平均工资的标准作为公积金缴存基数，那么这种做法是不合法的。同时，无论是深户还是非深户，公积金的缴纳基数和比例都应遵循当地的相关政策规定。

如果您对企业的公积金缴存情况有疑问或不满，建议您先与企业进行沟通协商，了解企业的具体做法和依据。如果沟通无果或您认为企业的做法违反了相关规定，您可以向当地的住房公积金管理中心或相关部门进行投诉和举报，以维护自己的合法权益。