结论：公司离职保密协议中约定的违约金是否合法，需根据具体情况判断。若违约金条款是基于违反竞业限制约定而设定的，且符合法定条件，则是合法的；若仅因劳动者离职或违反一般保密义务而设定违约金，则通常不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法情形：违反竞业限制约定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，并约定在解除或终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
合法条件：
- 竞业限制条款必须明确约定竞业限制的范围、地域、期限以及经济补偿的标准和支付方式。
- 竞业限制期限不得超过二年，且适用于高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。
- 用人单位需按月给予劳动者经济补偿，以保障其基本生活需求。
实例说明：
- 若研发人员掌握公司核心技术秘密，并与公司签订竞业限制协议，约定离职后2年内不得在竞争公司工作，公司每月支付经济补偿。若该员工违反约定，在离职后1年内到竞争公司工作，则需按协议支付违约金。
不合法情形：非竞业限制约定下的违约金
仅因离职设定违约金：
- 若保密协议中仅因劳动者离职而设定违约金，且未涉及竞业限制或服务期等法定情形，则该违约金条款通常不合法。因为劳动者依法享有离职自由，用人单位不得通过设定违约金来变相限制其离职。
违反一般保密义务设定违约金：
- 保密义务是劳动者的法定义务，但违反一般保密义务并不直接导致违约金的支付。除非保密协议中明确约定了竞业限制条款，并符合法定条件，否则用人单位不得要求劳动者支付违约金。
金额不合理或过高的违约金：
- 即使属于竞业限制情形下的违约金约定，若金额过高、不合理，或超出了法律规定的范围（如超过了用人单位实际支付的经济补偿或劳动者因违反竞业限制可能给用人单位造成的损失），则该部分违约金约定也可能被认定为不合法。
总结与建议
审查保密协议：
- 劳动者在签订离职保密协议时，应仔细审查协议中关于违约金的条款，确保其符合法律规定。特别是要注意竞业限制条款的约定是否明确、合理，并是否涉及经济补偿的支付。
拒绝不合法条款：
- 如遇不合法或不合理的违约金约定，劳动者有权拒绝接受，并可与用人单位协商修改或删除相关条款。若协商无果，劳动者可寻求法律援助或向相关部门投诉举报。
增强法律意识：
- 用人单位和劳动者都应增强法律意识，确保保密协议内容的合法性与合规性。用人单位在设定违约金条款时，应严格遵守相关法律法规的规定，避免损害劳动者的合法权益。
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