结论：是否合法需分情况讨论，主要取决于收取保证金的行为是否符合法律规定、合同约定以及行业惯例，以下分情况具体说明：

1. 若合同明确约定且不违反法律强制性规定
   如果与两家公司签订的合同中均明确约定了保证金条款（如履约保证金、质量保证金等），且该条款不违反《民法典》中关于合同效力的强制性规定（如欺诈、胁迫、显失公平等情形），同时保证金金额未超过法定上限（如工程领域履约保证金通常不超过合同金额的10%），则收取两家保证金的行为合法。
   法律依据：《民法典》第490条（合同成立）、第585条（违约金与定金）、第701条（保证合同定义）。

2. 若存在重复收取或变相收费
   若保证金性质重复（如同时收取“履约保证金”和“质量保证金”但实际针对同一义务），或以保证金名义变相收取其他费用（如“入场费”“管理费”），可能涉嫌违反《价格法》中“禁止利用优势地位强制交易”的规定，或被认定为“霸王条款”而无效。
   风险提示：需结合具体合同条款和行业惯例判断，若被认定为不合理收费，可能面临行政处罚或民事赔偿。

3. 若涉及垄断或不正当竞争
   若通过收取保证金排除、限制其他竞争者（如要求供应商必须缴纳保证金才能参与投标），可能违反《反垄断法》或《反不正当竞争法》，尤其是当企业具有市场支配地位时，此类行为可能被认定为滥用市场地位。
   典型场景：在招投标、供应链管理等环节中，通过保证金设置不合理门槛。

4. 若保证金未退还或挪用
   即使初始收取行为合法，若未按合同约定退还保证金（如合同终止后未及时返还），或挪用保证金用于其他用途（如将履约保证金用于企业日常经营），则可能构成违约或侵权，需承担返还、赔偿等责任。
   救济途径：对方可通过诉讼或仲裁要求返还保证金及利息，甚至主张惩罚性赔偿（如存在恶意挪用）。

建议：

• 审查合同中关于保证金的条款，明确性质、金额、退还条件等；
  
• 确保保证金金额与合同义务匹配，避免过高或重复收取；
  
• 保留收取、退还保证金的书面凭证（如转账记录、收据、退款协议）；
  
• 若涉及行业特殊规定（如建设工程、政府采购），需进一步核查相关法规。
  

如有具体合同或场景，可进一步向我说明，我会结合细节分析合法性及风险点。