公司回购股东股份在符合《公司法》及相关法律法规规定的特定情形和程序时，是合法的。 以下是对这一问题的详细解析：
一、合法的回购情形
（一）有限责任公司
对于有限责任公司，虽然《公司法》未直接列举所有回购情形，但通常可参照股份有限公司的相关规定，并结合公司章程及实际情况处理。在以下情形下，有限责任公司可以回购股东股份：
- 连续五年盈利不分配利润：若公司连续五年盈利且未向股东分配利润，同时符合分配利润的条件，对此持反对意见的股东可以要求公司按合理价格收购其股权。
- 公司合并、分立或转让主要财产：当公司面临合并、分立或转让主要财产等重大决策时，若股东对此持反对意见，可要求公司回购其股权。
- 公司章程规定的解散事由出现但公司继续存续：若公司章程规定的营业期限届满或其他解散事由出现，而股东会决议修改章程使公司继续存续，对此持反对意见的股东有权要求公司回购其股权。
（二）股份有限公司
根据《公司法》第一百六十二条，股份有限公司在以下情形下可以回购本公司股份：
- 减少公司注册资本：应当经股东会决议，并在回购后十日内注销股份。
- 与持有本公司股份的其他公司合并：应当经股东会决议，并在六个月内转让或注销股份。
- 将股份用于员工持股计划或者股权激励：可以按照公司章程或者股东会的授权，经三分之二以上董事出席的董事会会议决议，且合计持有的股份数不得超过已发行股份总额的百分之十，并在三年内转让或注销。
- 股东因对股东会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份：公司应在六个月内转让或注销股份。
- 将股份用于转换公司发行的可转换为股票的公司债券：同样需遵循持股比例和转让期限的限制。
- 上市公司为维护公司价值及股东权益所必需：需遵循相同的持股比例和转让期限要求，并通过公开的集中交易方式进行。
二、回购股份的程序与限制
无论是有限责任公司还是股份有限公司，在进行股权回购时，都必须严格遵守相关法律法规，包括但不限于《公司法》、《证券法》。具体程序通常包括：
- 确定回购数量、价格、方法及期限：确保回购行为符合公司利益和股东权益。
- 召开董事会或股东大会进行决议：依不同情形按上述规定进行决议。
- 公告通知债权人及股东：确保信息透明，保护相关方权益。
- 向证监会等相关部门报备（如适用）：确保合规性。
同时，回购股份的数量和价格也受到严格限制。例如，公司合计持有的本公司股份数一般不得超过已发行股份总额的百分之十（特定情形），且需遵循合理定价机制。
三、违法回购的情况
如果公司回购股东股权不符合上述法定情形，或者未按照法定程序进行，就属于违法行为。常见违法情况包括：
- 未经法定决议程序擅自回购股权：如未经股东会或董事会决议擅自回购。
- 回购后未按规定进行减资、转让、注销等后续处理：如未在规定时间内注销或转让股份。
- 回购数量或价格超出法律限制：如回购股份数量超过法定比例或价格不合理。
这些违法行为可能损害公司、股东及债权人的合法权益，公司将面临法律责任，包括被责令改正、罚款等处罚。
四、总结与建议
综上所述，公司回购股东股份必须严格遵守《公司法》及相关法律法规的规定，确保回购行为在合法、合规的框架内进行。公司应仔细审查回购情形是否符合法律规定，严格按照法定程序操作，并注意回购数量和价格的限制，以避免法律风险和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。