结论：同一个董事长对两个厂的员工待遇完全不一样，这一行为本身并不直接构成违法，但是否违法需结合具体情况来判断，主要看是否违反了相关法律法规中关于平等对待员工、同工同酬等原则性规定。
分析：
公司自治与经营自主权：
- 从公司自治的角度来看，公司有权根据自身的经营状况、市场环境、员工能力等多种因素，自主决定员工的薪酬待遇、福利政策等。这是公司经营自主权的一部分，也是市场经济下企业灵活运营的重要体现。
- 因此，如果两个厂由于地理位置、生产规模、产品类型、市场定位等因素存在差异，导致员工待遇有所不同，这在一定程度上是可以理解的，并不直接构成违法。
平等对待与同工同酬原则：
- 然而，公司自治并非无限制的。在劳动法领域，平等对待员工、同工同酬是基本原则。这意味着，如果两个厂的员工从事相同或类似的工作，且工作条件、工作强度、工作成果等方面没有显著差异，那么他们应当获得相同的薪酬待遇。
- 如果董事长因为个人偏好、关系亲疏或其他非工作相关因素，对两个厂的员工实行差别待遇，且这种差别待遇无法合理解释为基于工作差异或公司经营需要，那么这种行为就可能违反了平等对待和同工同酬的原则，从而构成违法。
具体法律法规的适用：
- 在我国，《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规对员工的薪酬待遇、福利政策等作出了明确规定，要求公司应当遵循平等对待、同工同酬等原则。
- 如果董事长的行为违反了这些法律法规的规定，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司纠正违法行为并赔偿损失。
建议：
- 对于公司而言，应当建立健全的薪酬管理制度和福利政策，确保员工待遇的公平性和合理性。在制定薪酬政策时，应当充分考虑员工的工作能力、工作成果、工作条件等因素，避免因为个人偏好或非工作相关因素而实行差别待遇。
- 对于员工而言，如果发现自己的待遇与其他类似岗位的员工存在显著差异，且这种差异无法合理解释为基于工作差异或公司经营需要，那么可以向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。在维权过程中，员工应当保留好相关证据，如工资单、工作记录等，以便证明自己的权益受到了侵害。
后续思考：
- 在实际操作中，如何界定“同工”和“同酬”可能存在一定的难度。这需要根据具体的工作内容、工作条件、工作成果等因素进行综合判断。因此，公司在制定薪酬政策时应当尽可能明确和具体，以减少争议和纠纷的发生。
- 如果员工对公司的薪酬政策存在异议或不满，应当通过合法途径进行维权。在维权过程中，员工应当保持理性和冷静，避免采取过激行为或违法手段来维护自己的权益。
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