员工在两个厂发工资，从法律角度看，是合法的，但需注意一系列相关事项。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律未禁止多重劳动关系：

   • 根据我国现行法律，劳动者有权同时与两个及以上用人单位建立劳动关系。只要业务是真实的，且劳动者能如实向两家公司披露自己在其他单位工作及获取报酬的情况，避免因隐瞒而引发潜在纠纷，同时确保自己有足够的精力和时间履行两家公司的工作职责，不影响工作质量，那么在两个厂发工资就是合法的。

2. 税务处理：

   • 员工在两个厂发工资，会涉及个人所得税的缴纳问题。员工应依法履行纳税义务，准确申报收入，避免税务风险。具体来说，若员工有专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处取得的所得中减除，别重复扣除了。同时，从两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元的，切记别忘了次年汇算清缴个税。

3. 合同与规章制度：

   • 员工需确保与每个用人单位签订的劳动合同中无禁止兼职或建立多重劳动关系的条款，并能按约完成工作任务。如果劳动合同中有相关禁止性规定，或者员工因在两个厂工作而无法完成任一用人单位的工作任务，或对本单位工作造成严重影响，且经用人单位提出后仍不改正的，用人单位有权依据规章制度进行处理，甚至解除劳动合同。

4. 竞业限制与保密义务：

   • 如果员工与其中一个或两个用人单位签订了竞业限制协议或保密义务协议，那么在另一个厂工作可能会违反这些协议，导致法律纠纷。因此，员工在决定在两个厂发工资前，应仔细审查相关协议，确保自己的行为不会违反这些协议。

综上所述，员工在两个厂发工资，虽然从法律角度看是合法的，但需注意税务处理、合同与规章制度、竞业限制与保密义务等一系列相关事项。如果员工有任何疑问或不确定的地方，建议直接向我咨询，以确保自己的行为合法合规，避免不必要的法律纠纷。