关于学校扣教师年终奖奖金是否合法的问题，这主要取决于学校扣款的依据以及是否遵循了相关的法律程序。
首先，我们需要明确的是，年终奖属于劳动报酬的一部分，它通常与劳动者的工作表现、工作年限、公司政策等多种因素有关。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经过民主程序，即与职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或者职工代表平等协商确定。此外，这些规章制度或重大事项决定还需要公示或告知劳动者。
现在，我们针对学校扣教师年终奖奖金的情况进行分析：
扣款依据：学校扣款必须基于合法、合理的依据。如果学校有明确的规章制度，且该制度经过了民主程序制定并公示或告知了教师，同时该制度中明确规定了扣款的条件和标准，那么学校在符合这些条件的情况下扣款可能是合法的。然而，如果学校没有这样的规章制度，或者规章制度没有经过民主程序制定，或者没有公示或告知教师，那么学校扣款就可能缺乏合法依据。
劳动合同约定：另外，我们还需要查看教师与学校签订的劳动合同中是否有关于年终奖和扣款的明确约定。如果劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么学校按照合同约定扣款可能是合法的。但如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么学校扣款就可能缺乏合同依据。
实际案例参考：从您提供的案例中，我们可以看到，如果学校未经民主程序制定规章制度，或者未将规章制度公示或告知教师，就依据这些规章制度进行扣款，那么这种扣款行为可能是不合法的。例如，在小陈的案例中，学校依据未经民主程序制定的内部规章制度对小陈进行处罚扣款，最终仲裁委员会裁决学校返还了扣款。
综上所述，学校扣教师年终奖奖金是否合法，主要取决于扣款依据是否合法、合理，是否经过了民主程序制定并公示或告知了教师，以及是否与劳动合同中的约定相符。如果学校扣款行为缺乏合法依据或违反了相关法律法规和劳动合同的约定，那么教师有权向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
因此，我建议您先查看学校的规章制度和劳动合同中是否有关于年终奖和扣款的明确约定，并了解这些规章制度是否经过了民主程序制定并公示或告知了教师。如果学校扣款行为存在疑问或争议，您可以考虑咨询专业的劳动法律师或向当地的劳动人事争议仲裁委员会寻求帮助。