公司长期停工停产只发最低工资是否合法，需根据具体情况分析，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、法律规定
《工资支付暂行规定》第十二条：
- 非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
- 超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理，通常指的是按照不低于当地最低工资标准的一定比例（如70%、80%）支付生活费，具体比例根据地方规定而定。
地方性规定：
- 各地对于超过一个工资支付周期且劳动者未提供正常劳动的工资支付标准可能有所不同。例如，北京市规定待岗期间企业应当按照不低于北京市最低工资标准的70%支付基本生活费；上海市则为最低工资标准的80%；广东省同样为最低工资标准的80%。
二、合法性分析
第一个工资支付周期内：
- 如果公司因非劳动者原因导致停工停产，且停工停产时间未超过一个工资支付周期（通常为一个月），那么公司应按照劳动合同约定的标准向员工支付工资，这包括基本工资和可能的绩效奖金等。此时，仅发放最低工资可能构成违法，除非劳动合同中明确约定了最低工资即为全部工资。
超过一个工资支付周期后：
- 如果停工停产时间超过了一个工资支付周期，且员工未能提供正常劳动，公司可以按照当地政策规定的标准（如最低工资标准的70%或80%）向员工支付基本生活费。在这种情况下，如果公司支付的是不低于当地规定标准的生活费（即便这个数额接近或等于最低工资），那么公司的做法可能是合法的。
- 但需注意：如果公司长期（如数年）仅支付最低工资，且这个数额明显低于当地规定的生活费标准，或者公司实际上有能力支付更高的工资却故意压低，那么这种做法可能构成违法，损害了劳动者的合法权益。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中有明确约定停工停产期间的工资待遇，且这个约定不低于当地规定的最低标准，那么公司应按照约定执行。如果约定低于当地规定标准，则该约定可能因违法而无效。
三、劳动者维权途径
与公司协商：
- 劳动者可以首先尝试与公司管理层沟通，了解停工停产的原因以及工资支付的依据，要求公司按照法律规定和劳动合同约定支付工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由其对公司的工资支付情况进行调查并依法处理。
申请劳动仲裁：
- 劳动者还可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付拖欠的工资、经济补偿等。对仲裁结果不服的，可以进一步向人民法院提起诉讼。
四、特殊情况考虑
公司经营状况：
- 如果公司确实面临严重的经营困难，且这个困难是暂时的、非故意的，那么公司在停工停产期间支付最低工资或生活费可能具有一定的合理性。但即便如此，公司也应尽力与劳动者沟通，说明情况，并寻求双方都能接受的解决方案。
劳动者实际工作情况：
- 如果劳动者在停工停产期间提供了正常劳动（如远程办公、参与公司组织的培训等），那么公司应按照劳动合同约定的标准或双方协商确定的标准向劳动者支付工资。
总结与建议：
公司长期停工停产只发最低工资是否合法，取决于多个因素，包括停工停产的原因、期限、当地政策规定以及劳动合同的约定等。劳动者在面对这种情况时，应首先了解自己的权益和当地政策规定，然后与公司进行沟通协商。如果协商无果，可以通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。