公务员休息日不能离开本市这一规定是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若该规定是单位内部管理规定，且未违反法律法规的强制性规定：
- 公务员作为国家公职人员，其工作性质和职责要求可能使其在休息日也需保持一定的待命状态或遵守特定的行为规范，以确保公共服务的连续性和稳定性。
- 如果单位出于工作需要，制定了内部管理规定，要求公务员在休息日不得离开本市，且这一规定并未违反法律法规的强制性规定（如《公务员法》、《劳动法》等），那么这一规定在单位内部是具有约束力的。
- 在这种情况下，公务员应当遵守单位的规定，否则可能会面临单位内部的纪律处分。
若该规定违反了法律法规的强制性规定：
- 根据《劳动法》等相关法律法规，劳动者享有休息休假的权利，包括周末和法定节假日的休息。除非有特定的法律、法规或规章规定，否则用人单位不得随意剥夺或限制劳动者的休息休假权利。
- 如果单位制定的规定违反了上述法律法规的强制性规定，比如无理由地限制公务员在休息日的自由活动，那么这一规定是违法的。
- 在这种情况下，公务员有权拒绝遵守该规定，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
法律建议：
- 公务员在面对此类规定时，首先应当了解该规定是否为单位内部管理规定，以及是否违反了法律法规的强制性规定。
- 如果对该规定的合法性存在疑问，可以向单位的人事部门或法律顾问咨询，或者向当地的劳动监察部门投诉。
- 在维护自身权益的同时，也应当考虑到工作需要和公共利益，尽量在合法合规的前提下与单位协商解决。
可能后果：
- 如果公务员违反了合法有效的单位内部管理规定，可能会面临单位内部的纪律处分，如警告、记过、降级等。
- 如果单位的规定违反了法律法规的强制性规定，公务员拒绝遵守并投诉后，单位可能会面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。同时，公务员的合法权益也将得到保护。
总之，公务员在休息日是否可以离开本市，取决于单位的规定是否合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。