结论：项目合作协议中乙方安排人员，甲方付款给乙方这一安排是否合法，取决于双方协议的具体内容以及相关法律法规的适用情况。以下从多个角度进行分析：
一、协议内容合法性
协议条款明确性：
- 若项目合作协议中明确约定了乙方负责安排人员，甲方负责支付款项给乙方，且该条款不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么该条款是合法有效的。
- 例如，协议中可以约定乙方根据项目需求安排专业人员，甲方根据乙方提供的人员服务情况支付相应费用。
协议目的合法性：
- 协议的目的必须合法，不能是为了进行非法活动或规避法律义务。如果协议的目的是合法的，且双方均按照协议履行义务，那么甲方付款给乙方的行为就是合法的。
二、法律法规适用性
合同法相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
- 因此，如果项目合作协议是依法成立的，且双方均按照协议履行义务，那么甲方付款给乙方的行为就是符合合同法的规定的。
税务法规相关规定：
- 甲方付款给乙方时，需要确保税务处理的合法性。乙方作为收款方，应当按照税法规定开具发票，并缴纳相应的税款。
- 如果乙方未按照税法规定开具发票或缴纳税款，甲方可能面临税务风险，如被税务机关追缴税款、滞纳金或罚款等。
三、实际操作建议
审查协议条款：
- 在签订项目合作协议前，双方应仔细审查协议条款，确保条款明确、合法，并符合双方的利益需求。
- 特别是关于人员安排和付款方式的条款，应详细约定双方的权利和义务，以避免后续纠纷。
遵守法律法规：
- 双方在履行协议过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，确保协议的合法性和有效性。
- 特别是税务处理方面，应确保合规性，避免税务风险。
保留相关证据：
- 双方在履行协议过程中，应保留好相关证据，如协议文本、付款凭证、发票等，以备后续可能出现的纠纷或争议。
进一步思考：如果项目合作协议中未明确约定人员安排和付款方式，或者约定不明确导致双方产生争议，那么双方可以通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。在此过程中，建议双方寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。
总结：项目合作协议中乙方安排人员，甲方付款给乙方这一安排是否合法，取决于协议的具体内容以及相关法律法规的适用情况。双方在签订和履行协议过程中，应确保协议的合法性和有效性，并遵守相关法律法规的规定。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师。