结论前置：公司提成的净利润扣除企业经营成本及税务，这一做法在合法合规的框架下是可行的，但具体是否合法需结合公司章程、股东协议以及相关法律法规来综合判断。
一、从公司章程和股东协议的角度分析
公司章程的约定：公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的基本制度和运营规则。如果公司章程中明确规定了净利润的分配方式，包括扣除企业经营成本及税务后的分配比例或方式，那么公司按照章程执行是合法的。
股东协议的约定：股东协议是股东之间就公司运营、利润分配等事项达成的协议。如果股东协议中有关于净利润分配的具体约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照股东协议执行也是合法的。
二、从相关法律法规的角度分析
公司法的规定：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司应当按照法定程序进行利润分配。一般来说，公司需要先弥补以前年度的亏损，提取法定公积金，然后才能向股东分配利润。在分配利润时，公司应当确保分配的利润是扣除所有经营成本和税务后的净利润。因此，只要公司按照法定程序进行利润分配，且分配的利润是扣除经营成本和税务后的净利润，这一做法就是合法的。
税法的规定：公司需要依法缴纳各种税费，包括企业所得税、增值税等。在计算净利润时，这些税费是需要扣除的。因此，从税法的角度来看，公司提成的净利润扣除税务是合法的。同时，公司也需要确保税务申报的准确性和及时性，以避免税务风险。
三、实际操作中的注意事项
确保扣除项目的合法性：公司在扣除经营成本时，需要确保这些成本是真实发生的、与经营活动相关的，并且符合税法的规定。如果公司随意扣除成本或虚增成本，可能会面临税务风险和法律责任。
遵循法定程序：公司在进行利润分配时，需要遵循法定的程序，如召开股东会或董事会进行决议、编制财务报表等。如果公司未按照法定程序进行利润分配，可能会面临股东之间的纠纷或法律诉讼。
保护股东权益：公司在分配利润时，需要确保所有股东的权益得到保护。如果公司存在大股东操纵利润分配、损害小股东利益的情况，小股东可以通过法律途径来维护自己的权益。
举例说明：假设某公司章程规定，公司每年将扣除经营成本和税务后的净利润的50%分配给股东。在某一年度，公司实现了100万元的净利润，扣除经营成本和税务后剩余80万元。那么，公司应当按照章程规定，将40万元分配给股东。这一做法就是合法合规的。
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