结论：工程各类规费在合同中没有约定时，原则上并不直接由承包方承担，而是需根据法律法规的规定及行业惯例来确定承担主体。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规的规定
工程规费，作为按国家法律、法规以及省级政府和省级有关权力部门规定必须缴纳或计取的费用，其涵盖范围广泛，包括但不限于社会保险费（养老保险费、失业保险费、医疗保险费、生育保险费、工伤保险费）、住房公积金和工程排污费等。这些费用旨在保障工程建设相关人员的权益，满足社会公共管理要求，确保工程建设的合法性与规范性。
从法律法规的角度出发，建设单位作为工程项目的发起者和所有者，承担着确保工程建设活动符合法律法规要求、保障劳动者合法权益和社会公共利益的责任。因此，在法律法规未明确规定由承包方承担的情况下，建设单位是建设工程规费的最终承担者。在工程招标阶段，建设单位需将规费等相关费用足额列入工程造价中，以确保后续费用的足额缴纳。
二、合同约定的影响
尽管法规规定了建设单位的规费承担责任，但在实际的建设工程承发包活动中，发承包双方可以通过签订合同对规费的承担进行具体约定。这种约定的灵活性体现了市场经济下合同自由的原则，但同时也受到法律法规的约束。
若合同中明确约定规费由建设单位承担：则建设单位需按照合同约定，在工程价款结算等环节向施工单位支付包含规费的款项，并由施工单位负责向相关部门缴纳。这种情况下，建设单位应严格履行合同约定，确保规费的及时足额支付。
若合同中未明确约定规费承担主体：则双方应首先尝试通过友好协商达成补充协议。若无法达成一致，且按照相关条款或交易习惯也无法确定承担方时，则应遵循法定承担原则，由建设单位承担工程规费。这是因为，从费用性质上看，工程规费作为工程造价的一部分，理应由建设单位承担，以体现其对工程建设成本的全面负责和对劳动者权益的保障。
三、实际操作中的建议
明确合同条款：在签订建设工程施工合同时，发承包双方应明确规费的承担方式和责任，以避免后续纠纷的发生。合同条款应具体、明确，避免使用模糊或歧义的语言。
关注法律法规变动：双方应密切关注相关法律法规的变动，确保合同内容的合法性与有效性。若法律法规对规费承担有新的规定，双方应及时调整合同条款，以适应新的法律环境。
寻求专业法律意见：在发生争议时，双方应及时寻求专业法律意见，以维护自身合法权益。律师可以根据合同条款、法律法规及行业惯例，为双方提供客观、公正的法律建议。
总结与建议：工程各类规费在合同中没有约定时，并不直接由承包方承担。双方应首先依据合同条款进行处理，若合同未明确约定，则应遵循法定承担原则，由建设单位承担工程规费。在实际操作中，建议发承包双方在签订合同时明确规费的承担方式和责任，并密切关注相关法律法规的变动，以确保合同内容的合法性与有效性。若发生争议，应及时寻求专业法律意见，以维护自身合法权益。