工程联系单在工程结束后进行审批，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、审批程序的合法性基础
工程联系单作为工程建设过程中各方沟通、确认事项的重要文件，其审批程序应当遵循相关法律法规、合同约定以及行业惯例。一般来说，工程联系单的审批应当在工程建设过程中，根据工程进展和实际需要，及时进行审批和确认。然而，这并不意味着工程结束后就不能进行审批，关键在于审批的内容和目的是否合法、合理。
二、工程结束后审批的合法性情形
补正或确认前期事项：
- 如果工程联系单涉及的事项在工程建设过程中由于各种原因未能及时审批，但在工程结束后需要补正或确认，且该事项不违反法律法规、合同约定和行业惯例，那么这种审批是合法的。
- 例如，某些设计变更或施工调整在工程进行时可能因各种原因未及时审批，但在工程结束后，为了结算或归档需要，进行补正审批，这是可以的。
解决遗留问题：
- 工程结束后，可能发现一些遗留问题需要处理，如工程质量问题、工程量争议等。这时，通过工程联系单的形式进行审批，明确责任和处理方式，也是合法的。
- 但需要注意的是，这种审批应当基于事实和证据，不能损害任何一方的合法权益。
三、工程结束后审批的非法性情形
违反法律法规：
- 如果工程联系单的审批内容违反了相关法律法规的规定，如未经批准擅自变更设计、施工等，那么这种审批是违法的。
- 例如，未经规划部门批准擅自改变建筑用途或外观，即使工程结束后进行审批，也是违法的。
损害第三方利益：
- 如果工程联系单的审批损害了第三方的合法权益，如相邻权、环境权等，那么这种审批也是不合法的。
- 例如，未经相邻业主同意擅自扩大建筑规模或改变建筑结构，影响相邻业主的通风、采光等权益，这种审批是不被法律所认可的。
违反合同约定：
- 如果工程联系单的审批违反了合同中的相关约定，如变更程序、审批权限等，那么这种审批也是不合法的。
- 例如，合同中明确规定了设计变更需要经过双方共同审批，但一方未经另一方同意擅自进行审批，这种审批是无效的。
四、建议与风险提示
- 建议：在工程建设过程中，各方应当严格按照法律法规、合同约定和行业惯例进行工程联系单的审批。如果因特殊原因需要在工程结束后进行审批，应当确保审批内容合法、合理，且不损害任何一方的合法权益。同时，建议保留好相关证据和文件，以备不时之需。
- 风险提示：如果工程联系单的审批程序存在违法或不合理之处，可能会引发法律纠纷和损失。因此，各方在审批过程中应当谨慎行事，确保审批程序的合法性和合理性。
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