核心结论：合作方在项目结束后给予回扣，可能涉及商业贿赂等法律问题，需根据具体情况谨慎处理，一般建议拒绝并妥善处理该款项，同时加强内部合规管理。以下是具体分析：

1. 法律定性：回扣可能构成商业贿赂

根据《中华人民共和国刑法》第一百六十四条及《反不正当竞争法》第七条，经营者不得采用财物或其他手段贿赂交易相对方的工作人员，以谋取交易机会或竞争优势。若回扣以“感谢费”“好处费”等名义私下给予，且未通过公司正式流程（如合同约定、合法佣金），可能被认定为商业贿赂，涉及刑事责任（对非国家工作人员行贿罪）或行政处罚（罚款、没收违法所得）。

建议：

• 立即核实回扣性质：是否与项目合同相关？是否以公司名义接收？是否有书面协议？
  
• 若无合法依据，应明确拒绝并退回款项，避免个人或公司承担法律风险。

2. 公司内部处理：合规与风险隔离

若回扣已接收，需按公司内部合规制度处理：

• 财务处理：不得将回扣私设为“小金库”或个人占有，应作为异常收入入账，并说明来源。
  
• 合规审查：启动内部调查，确认是否存在利益输送、职务侵占等问题，必要时向监管部门报告。
  
• 制度完善：修订合作协议，明确禁止回扣条款，加强员工廉洁培训，避免类似风险。

案例参考：
某企业因未及时处理合作方回扣，被认定为“单位受贿罪”，直接负责的主管人员被判刑，公司被罚款。

3. 个人风险：职务侵占或受贿

若个人私自收受回扣，可能涉及：

• 非国家工作人员受贿罪（《刑法》第一百六十三条）：数额较大（6万元以上）可处三年以下有期徒刑。
  
• 职务侵占罪：若将回扣据为己有，数额较大（10万元以上）可处三年以下有期徒刑。

建议：

• 立即向公司合规部门或上级报告，主动退还款项。
  
• 保留与回扣相关的沟通记录（如邮件、聊天记录），证明无主观故意。

4. 替代方案：合法激励与合规合作

为避免法律风险，可建议合作方通过合法方式表达合作意愿：

• 合同约定：在合作协议中明确奖励条款（如项目达标后的奖金）。
  
• 公开表彰：通过公司公告、颁奖仪式等形式给予合作方荣誉。
  
• 佣金制度：若涉及中介服务，可签订佣金协议，明确支付条件及税率。

总结：回扣问题需从法律、公司、个人三层面综合处理，核心原则是“拒绝私下交易，坚持合规流程”。若您已涉及此类情况，建议提供具体细节（如回扣金额、支付方式等），我可进一步分析风险并制定应对方案。