结论：在机加工上班机器不停，有一小时不算加班是否合法，这主要取决于这一小时的工作性质、劳动合同或公司规章制度中的约定，以及是否符合相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

一、从劳动合同和公司规章制度的角度

1. 劳动合同约定：如果劳动合同中明确规定了工作时间、加班及加班费的计算方式，那么公司应按照合同约定执行。若合同中未提及该一小时不算加班，且该小时确实属于工作时间的一部分，那么公司将其不算作加班可能构成违约。

2. 公司规章制度：公司规章制度也是判断这一小时是否算加班的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了某些特定情况下（如设备调试、短暂休息等）的工作时间不计入加班，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能有一定的合理性。但需要注意的是，公司规章制度必须经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，否则可能对劳动者不产生约束力。

二、从法律法规的角度

1. 加班的定义：根据《劳动法》及相关规定，加班通常指的是在法定工作时间之外，由用人单位安排劳动者继续工作的时间。如果这一小时是在法定工作时间之外，且由公司安排进行工作，那么应视为加班。

2. 加班费的支付：如果这一小时被认定为加班，那么公司应按照法律法规的规定支付加班费。根据《劳动法》第四十四条的规定，工作日加班的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

3. 特殊工时制度：如果公司实行的是不定时工作制或综合计算工时工作制等特殊工时制度，且已经过劳动行政部门的批准，那么加班费的计算方式可能会有所不同。但即便如此，公司也不能随意剥夺劳动者获得加班费的权利。

三、从实际操作的角度

1. 证据收集：如果劳动者认为这一小时应被视为加班，但公司未支付加班费，那么劳动者应收集相关证据（如工作记录、考勤表、同事证言等）来证明自己的主张。

2. 协商与投诉：在收集到足够证据后，劳动者可以先与公司进行协商，要求公司支付加班费。如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议：

• 对于劳动者而言，如果遇到类似情况，应首先了解自己的劳动合同和公司规章制度中关于加班的规定，并收集相关证据以维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，应严格遵守法律法规的规定，合理制定和执行加班政策，确保劳动者的合法权益得到保障。同时，公司也应加强与劳动者的沟通，避免因加班问题引发不必要的劳动纠纷。

后续行动：如果您或您身边的人遇到了类似的问题，且不确定如何处理，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。