劳动者上班时发生交通事故，肇事司机的赔偿和劳动者的工伤保险待遇在一般情况下是不可以相互抵扣的，但存在特定情形下的例外。以下是对此问题的详细分析：

一、一般原则：不相互抵扣

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》第四十二条：“由于第三人的原因造成工伤，第三人不支付工伤医疗费用或者无法确定第三人的，由工伤保险基金先行支付。工伤保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。”这一条款明确了工伤保险基金在特定情况下对第三人追偿的权利，但并未规定肇事司机的赔偿与工伤保险待遇可以相互抵扣。
   • 同时，根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第八条：“职工因第三人的原因导致工伤，社会保险经办机构以职工或者其近亲属已经对第三人提起民事诉讼为由，拒绝支付工伤保险待遇的，人民法院不予支持，但第三人已经支付的医疗费用除外。”这一规定进一步明确了工伤保险待遇的支付不受第三人赔偿诉讼的影响，仅医疗费用部分可能存在例外。

2. 法律原理：

   • 工伤保险待遇是劳动者因工作遭受事故伤害或患职业病而获得的法定补偿，其性质属于社会保险范畴，旨在保障劳动者的基本生活需要。
   • 肇事司机的赔偿则是基于侵权责任法，对劳动者因交通事故造成的损害进行的赔偿，其性质属于民事赔偿范畴。
   • 两者在法律性质、赔偿范围、赔偿标准等方面均存在差异，因此一般不能相互抵扣。

二、特定情形下的例外：医疗费用部分

1. 例外情形：

   • 在劳动者因交通事故导致工伤的情况下，如果肇事司机已经支付了医疗费用，那么工伤保险基金在支付工伤保险待遇时，对于已经由肇事司机支付的医疗费用部分，将不再重复支付。

2. 法律依据：

   • 如前所述，《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第八条明确规定了这一例外情形。

3. 实际操作：

   • 在实际操作中，劳动者需要向社会保险经办机构提供肇事司机支付医疗费用的相关证据，以便社会保险经办机构在支付工伤保险待遇时进行扣除。

三、建议与注意事项

1. 及时报案与申请工伤认定：

   • 劳动者在发生交通事故后，应及时向公安机关报案，并向用人单位报告，以便用人单位及时申请工伤认定。

2. 保留相关证据：

   • 劳动者应保留好与交通事故相关的所有证据，包括医疗费用发票、交通事故认定书、肇事司机的联系方式等，以便在申请工伤保险待遇和向肇事司机索赔时使用。

3. 咨询专业律师：

   • 由于工伤保险待遇和肇事司机赔偿的涉及面较广，且法律关系复杂，因此劳动者在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，劳动者上班时发生交通事故，肇事司机的赔偿和劳动者的工伤保险待遇在一般情况下是不可以相互抵扣的，但医疗费用部分可能存在例外。劳动者在处理此类问题时，应了解相关法律法规，保留好相关证据，并在必要时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。