结论前置：劳动监察整改通知书发出后，如果单位在协商后仍不支付相关款项，劳动监察部门仍然有管辖权，并会采取进一步的措施来确保劳动者的权益得到保障。
详细分析：
劳动监察部门的职责：
- 劳动监察部门是负责监督用人单位遵守劳动法律法规的行政机关。当用人单位存在违法行为，如拖欠工资、未支付加班费等，劳动监察部门有权发出整改通知书，要求用人单位限期改正。
整改通知书的效力：
- 整改通知书是劳动监察部门对用人单位的一种行政指导行为，具有法律效力。用人单位在收到整改通知书后，应当按照通知书的要求进行整改，包括支付拖欠的工资等。
协商后的不支付情况：
- 如果用人单位在收到整改通知书后，与劳动者进行了协商，但协商后仍不支付相关款项，这并不影响劳动监察部门的管辖权。劳动监察部门仍然有权继续监督用人单位的整改情况，并采取进一步的措施。
劳动监察部门的进一步措施：
- 当用人单位在协商后仍不支付时，劳动监察部门可以采取多种措施，包括但不限于：再次发出整改通知书、进行行政处罚（如罚款）、将案件移送至劳动争议仲裁委员会或法院进行裁决等。这些措施旨在确保劳动者的权益得到切实保障。
劳动者的权益保障：
- 作为劳动者，如果遇到用人单位在协商后仍不支付的情况，可以向劳动监察部门投诉，并提供相关证据（如工资条、劳动合同、协商记录等）。劳动监察部门将依法进行调查处理，并维护劳动者的合法权益。
法律建议：
- 如果您作为劳动者遇到了这种情况，建议首先保留好所有相关证据，包括工资条、劳动合同、与用人单位的协商记录等。
- 然后，及时向当地的劳动监察部门投诉，并详细说明情况，提供证据。
- 在投诉过程中，保持与劳动监察部门的沟通，及时了解案件的进展情况。
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，还可以考虑向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。
可能后果：
- 如果用人单位在劳动监察部门的监督下仍不支付相关款项，可能会面临更严重的法律后果，包括被处以罚款、被列入失信名单等。
- 同时，劳动者的权益也将得到更全面的保障，包括获得应得的工资、加班费等。
总之，劳动监察部门在发出整改通知书后，如果单位在协商后仍不支付相关款项，劳动监察部门仍然有管辖权，并会采取进一步的措施来确保劳动者的权益得到保障。如果您遇到这种情况，请及时向劳动监察部门投诉并寻求帮助。