针对企业员工收取好处费的问题，核心结论是：企业应依据内部规章制度、劳动法律法规及刑事法律规定，分情况对涉事员工进行处理，包括纪律处分、解除劳动合同以及追究刑事责任等。以下是具体分析：
企业内部处理：
- 调查核实：企业首先应成立专门的调查小组，对员工收取好处费的行为进行全面、客观的调查，收集相关证据，如转账记录、聊天记录、证人证言等，以确保处理决定的公正性和准确性。
- 纪律处分：根据企业内部的规章制度，对涉事员工给予相应的纪律处分，如警告、记过、降职、撤职等。这些处分措施旨在维护企业的纪律和秩序，警示其他员工。
- 解除劳动合同：若员工收取好处费的行为严重违反了企业的规章制度或劳动纪律，且情节严重，企业有权依据《劳动合同法》的相关规定，单方面解除与该员工的劳动合同，且无需支付经济补偿。
法律责任追究：
- 民事责任：如果员工收取好处费的行为给企业造成了经济损失，企业有权要求涉事员工承担赔偿责任，通过民事诉讼途径追回损失。
- 刑事责任：若员工收取好处费的行为涉嫌构成非国家工作人员受贿罪等刑事犯罪，企业应及时向公安机关报案，由司法机关依法追究涉事员工的刑事责任。根据《刑法》的相关规定，非国家工作人员受贿罪可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或者没收财产。
预防措施与合规建设：
- 完善内部制度：企业应建立健全内部反腐败机制，明确禁止员工收取好处费等不正当行为，并制定相应的处罚措施。
- 加强培训与教育：定期对员工进行职业道德和法律法规培训，提高员工的法律意识和合规意识，从源头上预防类似行为的发生。
- 建立举报机制：鼓励员工对不正当行为进行举报，并保护举报人的合法权益，形成企业内部良好的监督氛围。
建议：企业在处理员工收取好处费的问题时，应坚持依法依规、公正公平的原则，既要维护企业的合法权益，也要保障员工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。