当员工因重大疾病不能胜任工作时，可以依法采取以下措施来保障自身权益：

1. 及时就医并申请医疗期：

   • 首先，员工应立即前往医院接受专业治疗，确保健康得到妥善照顾。
   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工有权根据工作年限获得三个月到二十四个月的医疗期。具体时长依据实际工作年限和在本单位的工作年限确定，例如，实际工作年限十年以下，本单位工作年限五年以下的为三个月，五年以上为六个月；实际工作年限十年以上的，则根据本单位工作年限进一步细分。
   • 员工需及时向单位提交医院的诊断证明、病历等相关材料，按照单位流程申请医疗期，并确保在医疗期内获得病假工资或疾病救济费，该费用不得低于当地最低工资标准的80%，同时单位应继续为员工缴纳社会保险费。

2. 医疗期满后的处理：

   • 劳动能力鉴定：医疗期满后，若员工仍不能从事原工作或单位另行安排的工作，可申请劳动能力鉴定。鉴定结果为一至四级的，应退出劳动岗位，终止劳动关系，并享受相应的退休、退职待遇。
   • 协商调整工作岗位：员工可与单位协商，看是否有适合自己身体状况的工作岗位，并签订变更劳动合同的协议，以继续工作。
   • 经济补偿：若单位决定解除劳动合同，应按照《中华人民共和国劳动合同法》的规定支付经济补偿金。经济补偿金的标准为每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。此外，单位还需支付不低于六个月工资的医疗补助费，患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的50%，患绝症的增加部分不低于100%。

3. 利用其他保障途径：

   • 医疗保险报销：员工应及时向当地社保部门了解医疗保险报销政策，准备好病历、费用清单、发票等相关材料，按规定流程申请报销医疗费用，减轻经济负担。
   • 社会救助：若家庭经济困难，员工可向当地民政部门申请社会救助，如低保、医疗救助等，以获得额外的经济支持。
   • 商业保险理赔：若员工之前购买了商业医疗保险、重大疾病保险等，应及时向保险公司报案，并按保险合同要求准备理赔材料，申请理赔，以获取额外的经济补偿。

面对复杂情况时的建议：

• 在处理这些事务时，员工可能会遇到各种复杂情况，如单位不配合、对医疗期时长有争议等。此时，员工应保持冷静，积极收集相关证据，如医疗证明、工作记录等，以支持自己的主张。
• 若员工对法律程序不熟悉或感到困惑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律指导和建议，帮助员工维护自己的合法权益。

总之，员工在因重大疾病不能胜任工作时，应充分了解并行使自己的合法权益，同时积极寻求各方支持与帮助，以度过难关。