结论前置：员工违反公司制度，公司并不能马上辞退，而是需要满足一定条件，包括公司制度的合法性、员工违规的严重程度以及辞退程序的合规性等。

一、公司制度的合法性

1. 制定程序合法：公司的规章制度必须通过民主程序制定，例如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。此外，规章制度还需向员工公示或告知，确保员工知晓制度内容。常见的公示方式包括组织员工培训、在公司内部显著位置张贴、通过公司办公系统发布等。

2. 内容合法合理：规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，且应合理。例如，过于严苛或不合理的规定（如迟到一次即辞退）可能因不具有法律效力而无法执行。

二、员工违规的严重程度

1. 一般违规：对于轻微违反公司制度的行为，如偶尔迟到几分钟或工作区域物品摆放不规范等，通常不构成立即辞退的理由。公司应先采取警告、教育等措施，给予员工改正机会。

2. 严重违规：只有当员工严重违反公司制度，如多次旷工、泄露商业机密给公司造成重大损失等，且公司规章制度对此有明确合理的规定时，公司才有权考虑辞退员工。这里的“严重”通常指对公司造成了较大影响或损害的行为。

三、辞退程序的合规性

1. 通知工会：如果公司有工会组织，在辞退员工前应将解除劳动合同的理由通知工会，并研究工会的意见，将处理结果书面通知工会。

2. 告知员工：公司需向员工出具书面的辞退通知，说明辞退原因是基于其严重违反公司制度，并告知员工享有的相关权利，如申诉权等。

四、法律后果

1. 合法辞退：若公司制度合法、员工严重违规且辞退程序合规，公司辞退员工无需支付经济补偿。

2. 违法辞退：若公司违反法律规定解除劳动合同，如规章制度不合法、证据不足、未通知工会等，则需按照《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定向劳动者支付赔偿金。具体来说，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

举例说明：假设某公司规章制度明确规定，员工连续旷工三天属于严重违反公司制度，公司有权辞退。若某员工连续旷工三天，且公司规章制度制定程序合法、内容合法合理，并已向员工公示或告知，同时公司在辞退前通知了工会并告知了员工，那么公司辞退该员工是合法的，无需支付经济补偿。反之，若公司规章制度存在瑕疵或未向员工公示，或辞退程序不合法，则公司辞退员工可能构成违法解除劳动合同，需支付赔偿金。

总结与建议：公司在处理员工违反制度的情况时，应确保公司制度的合法性、员工违规的严重程度以及辞退程序的合规性。若员工确实严重违反公司制度，公司应依法依规进行辞退，并妥善处理后续事宜。若对具体情况有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。