结论前置：在工程合同有争议且尚未开始干活的情况下，合同是可以进行修改的，但具体修改方式和程序需依据合同条款、双方协商以及相关法律法规来确定。
详细分析：
合同修改的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，合同内容可以经双方协商一致进行变更。这意味着，只要双方就合同修改达成一致，且修改内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就可以被修改。
合同修改的程序：
- 协商一致：首先，双方需要就合同修改的具体内容进行协商，并达成一致意见。这是合同修改的前提和基础。
- 书面形式：为了确保合同修改的合法性和有效性，建议双方将修改内容以书面形式固定下来，并签字或盖章确认。这样可以在后续发生争议时，作为有力的证据。
- 通知与备案：如果合同修改涉及到需要通知第三方或进行备案的情况（如某些建设工程合同需要向相关部门备案），双方还应按照相关规定履行通知和备案义务。
合同争议对修改的影响：
- 在合同存在争议的情况下，双方可能对合同的部分条款存在分歧。这时，修改合同可以视为解决争议的一种方式。通过协商修改合同，双方可以重新达成一致，从而消除争议。
- 然而，如果争议较大，双方难以就修改内容达成一致，那么可能需要通过诉讼或仲裁等法律途径来解决争议。在这种情况下，合同修改可能会受到一定影响，需要等待争议解决后再进行。
修改合同的注意事项：
- 保持合同完整性：在修改合同时，应确保修改后的合同仍然保持完整性和连贯性，避免出现逻辑矛盾或条款冲突。
- 明确修改范围：双方应明确修改的具体范围和内容，避免对合同其他部分产生不必要的误解或影响。
- 考虑后续履行：在修改合同时，还应考虑修改后的合同是否仍然具有可履行性，以及是否会对双方的权益产生不利影响。
法律建议：
- 在修改合同前，建议双方先对争议进行梳理和分析，明确争议焦点和修改目标。
- 修改合同时，应尽可能保持合同的稳定性和连续性，避免频繁修改导致合同效力受损。
- 如果双方难以就修改内容达成一致，或者争议较大无法自行解决，建议及时寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。
后续行动：
- 如果您需要进一步了解合同修改的具体程序或注意事项，或者需要就合同争议进行法律咨询，请随时向我提问。我将根据您的具体情况，提供详细的法律建议和帮助。