在第三人代替公司偿还债务的情况下，申请强制执行时一般不可以直接追加公司为被执行人，但存在例外情形。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：不可直接追加
在第三人代替公司偿还债务的情境中，若第三人与债权人之间达成了债务承担协议，并且该协议得到了债权人的同意，那么第三人成为了新的债务人，公司则从原债务关系中解脱出来。在此情况下，如果第三人未履行还款义务，债权人应当直接向第三人申请强制执行，而不能直接追加公司为被执行人。这是因为，根据合同的相对性原则，债务承担协议仅对债权人和第三人产生约束力，公司并非该协议的当事人，因此不受其约束。
二、例外情形：可追加公司为被执行人的情况
尽管存在上述一般原则，但在某些特定情况下，债权人仍然有可能在申请强制执行时追加公司为被执行人。这些情况主要包括：
第三人代为履行后，公司仍为实际债务人：
- 如果第三人代为履行债务的行为并未得到公司的明确同意或认可，或者公司仍然被视为实际债务人（例如，在担保关系中），那么债权人可能仍有权向公司追偿。
- 在此情况下，如果第三人未履行还款义务，债权人可以同时或先后向第三人和公司申请强制执行，具体取决于债务的性质和公司的责任范围。但需注意，这并非直接“追加”公司为被执行人，而是基于公司本身的债务责任进行执行。
第三人与公司存在连带责任：
- 如果第三人与公司之间存在连带责任关系（例如，共同借款人、共同担保人等），那么债权人可以要求其中任何一方履行全部债务。
- 在此情况下，如果第三人未履行还款义务，债权人可以直接向公司申请强制执行，无需追加。因为公司本身就负有连带还款责任。不过，若已先向第三人申请执行未果，再向公司申请执行时，也无需“追加”程序，而是直接基于连带责任进行。但若从“在执行程序中涉及公司”的角度理解，可视为在执行阶段明确了公司的责任主体地位，类似一种广义的“涉及”而非严格法律程序上的“追加”。若严格从执行程序“追加被执行人”的规范意义上讲，一般债务承担后不直接追加原债务人公司，但若符合如《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》中特定可追加情形（如未经清算即办理注销登记导致公司无法清算等与当前代偿债务不直接相关但体现公司责任承担的特殊规定，不过这不属于本题常规代偿债务情形），才可追加。而在常规第三人代偿债务且无其他特殊责任关联时，不能直接依据常规执行追加规定追加公司。不过若从理论探讨执行策略角度，若能证明公司对债务有法定或约定应承担责任的情况（非单纯第三人代偿后公司无责情形），可通过另诉确认公司责任后执行公司财产 ，但这已超出“直接申请强制执行时追加”的范畴。
三、法律建议
明确债务承担协议的内容：
- 在签订债务承担协议时，债权人应明确协议的内容、范围和责任主体，以避免未来出现纠纷。
- 如果可能的话，债权人可以要求公司在债务承担协议上签字或盖章，以确认公司对债务承担的了解或同意（但这并不意味着公司必然成为被执行人，除非存在连带责任等特殊情况）。
及时行使权利：
- 如果第三人未履行还款义务，债权人应及时向第三人行使权利，包括申请强制执行等。
- 如果债权人认为公司仍然负有还款责任（例如，基于连带责任、担保关系等），则应及时向公司主张权利，并考虑通过法律途径解决纠纷。
咨询专业律师：
- 由于债务承担和强制执行等法律问题较为复杂，债权人在处理相关事务时应咨询专业律师的意见。
- 律师可以根据具体情况为债权人提供法律建议和指导，帮助债权人维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。