核心结论：针对几十年建筑物建在农用地上的情况，需根据建筑物性质、建设时间、是否符合规划及土地用途管制要求等综合判断处理方式，主要分为合法建筑补办手续、违法建筑限期整改或拆除两种情形。以下分情况具体说明：

1. 若建筑物属于历史遗留合法建筑

根据《自然资源部关于加快解决不动产登记历史遗留问题的通知》及地方性法规，1987年《土地管理法》实施前已建成且未扩大用地面积的农村住宅，或符合当时政策建设的公益设施，可能被认定为合法建筑。此类建筑需通过以下程序处理：

• 补办手续：向当地自然资源部门申请补办农用地转用审批手续（需符合土地利用总体规划），并缴纳土地出让金或耕地占用税；
  
• 确权登记：完成手续后，可依法办理不动产登记，明确产权归属。
  

关键点：需提供建设时间证明（如村委会证明、老照片等），且建筑用途需与农用地规划用途兼容（如农村住宅、农业配套设施）。

2. 若建筑物属于违法建筑

根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用农用地建房或从事非农业建设的，需承担以下法律责任：

• 限期拆除：若建筑不符合土地利用总体规划（如占用永久基本农田），或无法通过补办手续合法化，行政机关可责令限期拆除，恢复土地原状；
  
• 罚款处罚：按非法占用土地面积处以每平方米100元至1000元罚款（具体标准由地方规定）；
  
• 刑事责任：若非法占用耕地、林地等农用地达5亩以上，或造成耕地大量毁坏，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的“非法占用农用地罪”，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
  

例外情形：若建筑虽违法但符合“一户一宅”等政策，且拆除后无房居住，可能通过缴纳罚款、调整土地用途等方式保留，但需严格限制用途（如仅限自住）。

3. 特殊情形：农业设施用地

根据《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》，直接用于农产品生产的设施（如温室、畜禽舍）及辅助设施（如管理用房），可占用一般耕地，无需办理农用地转用审批，但需备案并符合用地规模限制（如辅助设施用地占比不超过15%）。

• 若建筑物属于此类设施：需补办备案手续，并确保不破坏耕地耕作层；
  
• 若超出规模或改变用途（如将养殖场改为仓库），则需按违法建筑处理。

行动建议

1. 核查建设时间与用途：收集建筑建设时间、用途证明（如合同、规划许可），判断是否属于历史遗留问题或农业设施；
   
2. 咨询当地自然资源部门：确认土地规划用途（如是否为永久基本农田）、是否符合补办手续条件；
   
3. 谨慎处理拆除风险：若面临拆除，可主张“比例原则”（如拆除部分违法建筑保留必要居住空间），或通过行政复议、诉讼争取合法化路径。
   

提示：农用地保护政策严格，建议优先通过合法途径解决，避免因强制拆除导致财产损失。如有具体案例细节，可进一步向我咨询，我会结合地方政策提供针对性方案。