农转用地上存在建筑物时，需根据建筑物合法性、农转用审批情况及土地用途等核心因素，分情况处理，具体如下：

1. 若建筑物合法且农转用已获审批，土地用途与规划一致
   若建筑物系依法取得建设规划许可、施工许可等合法手续后修建，且农转用（即集体土地转为建设用地）已通过省级政府或国务院审批，土地用途与城乡规划、土地利用总体规划一致，则建筑物可依法保留或继续使用。此时需确保土地使用权人已按约定缴纳土地出让金（如为出让方式供地），或完成集体建设用地使用权登记（如为集体经营性建设用地入市），避免因手续瑕疵引发纠纷。

2. 若建筑物合法但农转用未获批或超范围建设
   若建筑物本身合法（如取得乡村建设规划许可证），但农转用未获审批，或虽获批但建筑物超出审批范围（如超出用地红线、容积率等），则可能涉及“未批先建”或“超占建设”问题。根据《土地管理法》第七十七条，此类行为可能面临责令退还土地、限期拆除或没收建筑物、罚款等行政处罚。此时需结合具体情节判断：若符合补办手续条件（如符合规划、未严重超占），可申请补办农转用审批及建设手续；若不符合，则可能面临拆除风险，需提前评估建筑物价值及损失，必要时通过行政复议或诉讼维权。

3. 若建筑物违法且农转用未获批或用途不符
   若建筑物未取得任何合法手续（如无规划许可、施工许可），或虽取得手续但农转用未获批，或土地用途与规划不符（如规划为绿地却修建商业建筑），则属于典型违法建设。根据《城乡规划法》第六十四条，此类建筑物可能被责令限期拆除；若无法拆除或拆除影响公共利益，可能被没收实物或违法收入，并处建设工程造价一定比例的罚款。此时需重点核查建筑物修建时间（如是否属于“历史遗留问题”）、是否符合“限期改正”条件（如通过补办手续合法化），若无法补救，则需提前协商补偿或准备应对强制拆除程序。

实务建议：

• 第一步：核查建筑物合法性（规划许可、施工许可、产权登记等）及农转用审批文件（批复范围、用途、期限）；
  
• 第二步：对比土地实际用途与规划用途，确认是否涉及“用途管制”问题；
  
• 第三步：根据结果选择补办手续、协商补偿或启动法律程序（如行政复议、诉讼）；
  
• 第四步：若面临拆除，需提前转移重要财物，并留存建筑物价值证据（如评估报告、照片），以便后续主张赔偿。
  

如有具体案件细节（如建筑物类型、审批阶段、土地性质等），可直接向我咨询，我将结合地方性法规及司法实践提供针对性方案。