针对您提出的“长期占有农用地建设房怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理和法律合规的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、合法占用农用地建房的流程
首先，必须明确的是，任何占用农用地进行建房的行为，都必须严格遵守《中华人民共和国土地管理法》的相关规定。合法占用农用地建房的流程通常包括以下几个步骤：
提出申请：您需要向所在农村集体经济组织或村民委员会提交建房用地申请，详细填写申请表，包括家庭人口、现有住房状况、拟建房位置及用地面积等信息。
组级讨论与公示：村民小组会对您的申请进行讨论，并在小组范围内公示不少于7个工作日，以征求其他村民的意见。
村级审查：村委会会审查您的申请人资格、用地位置及面积等，通过后签署意见并加盖公章，报送至乡（镇）人民政府。
乡镇审核与实地勘查：乡（镇）人民政府会组织相关部门进行实地勘查，核实申请情况，并对您是否符合建房条件进行审核。
县级审批：县级人民政府自然资源主管部门会审查您的申请材料，符合条件的报县级人民政府批准；若涉及农用地转用，还需依法办理相关审批手续。
获得许可后建房：经依法批准后，您可按批准的用地位置、面积及规划要求进行建房施工。
二、非法占用农用地建房的法律后果
如果您未经批准或采取欺骗手段骗取批准，长期占有农用地建设房，这将构成非法占用土地的行为，将面临以下法律后果：
责令退还与限期拆除：县级以上人民政府农业农村主管部门将责令您退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用土地上新建的房屋。若逾期未拆除，将依法强制拆除，费用由您承担。
罚款：根据违法占用农用地的面积、破坏程度等因素，您可能面临相应罚款。罚款额可依据《土地管理法实施条例》确定为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下，或按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下。
没收建筑物与其他设施：若违法情节严重或拒绝履行拆除义务，相关部门有权没收您新建的建筑物和其他设施。
刑事处罚：若您的行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，将依法追究刑事责任。根据刑法规定，非法占用耕地数量较大且造成大量毁坏的，可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。
三、应对措施与建议
自行整改：如果您发现自己未经批准占用了农用地建房，应立即停止建设，主动向当地自然资源主管部门或农业农村主管部门报告，并配合调查处理。在指导下采取措施整改，如拆除违法建筑、恢复土地原状等，以减轻处罚。
接受处罚：对于非法占用农用地建房的行为，相关部门将依法作出处罚决定。您应按时履行处罚义务，如缴纳罚款、拆除违法建筑等。如对处罚决定不服，可在规定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。
咨询专业意见：在进行任何建房活动前，建议您咨询当地自然资源主管部门或专业律师，了解相关法律法规和政策要求，确保建房行为的合法性。
四、结论
长期占有农用地建设房是严重的违法行为，不仅可能面临高额罚款、强制拆除等行政处罚，甚至可能构成犯罪而受到刑事处罚。因此，我强烈建议您在进行任何建房活动前，务必确保符合土地管理法规及城乡规划的要求，以避免不必要的法律风险和经济损失。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地相关部门或专业人士。