针对您提出的“农村集体土地被政府长期占用怎么办”的问题，这是一个涉及法律权益和行政程序的重要事项，需要谨慎且合规地处理。以下是我为您整理的详细解答步骤：

一、明确土地权属与占用情况

1. 确认土地权属：首先，您需要查阅土地使用权证、承包合同等相关文件，确保自己对这块土地拥有合法的使用权。这是后续维权的基础。

2. 了解占用详情：详细记录土地被占用的具体范围、面积、起止时间、占用方式（如是否用于建设、耕种等）以及占用者的身份信息。同时，通过实地测量、拍照等方式固定证据，以便后续维权时使用。

二、尝试初步协商与调解

1. 与政府相关部门协商：在确认土地权属和占用情况后，您可以尝试与占用土地的政府部门进行直接沟通。了解他们占用土地的原因和目的，同时表明自己的合法权益，要求他们停止占用行为，并恢复土地原状或给予合理补偿。

2. 达成书面协议：如果双方能够达成一致意见，务必签订书面协议，明确双方的权利和义务，包括占用期限、补偿方式、土地返还时间等关键条款。这有助于避免日后因口头协议而产生的纠纷。

3. 寻求村集体或基层组织调解：如果与政府部门协商无果，您可以向村委会或乡镇（街道）人民调解委员会申请调解。这些组织通常具有丰富的调解经验和专业知识，能够帮助您促成双方和解。

三、向政府相关部门投诉

1. 土地管理部门：如果协商和调解均未能解决问题，您可以向当地的自然资源主管部门（如国土资源局）投诉。反映土地被非法占用的情况，并请求他们进行调查处理。土地管理部门有权对非法占用土地的行为进行查处，并恢复土地原状。

2. 农业农村部门：如果涉及农村承包地纠纷，您还可以同时向农业农村部门反映情况。他们可以提供政策咨询和指导，并协助解决土地承包纠纷。

四、考虑法律途径解决

1. 申请仲裁：对于农村土地承包经营纠纷，您可以根据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，双方应履行裁决义务。

2. 提起诉讼：如果协商、调解和仲裁均无法解决问题，您可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分证据证明自己的合法权益及对方的占用行为造成的损失。法院判决生效后，如果对方不履行判决义务，您可以申请法院强制执行。

五、预防与保护措施

1. 加强土地管理：定期对土地进行巡查，及时发现并处理侵占行为。这有助于防止土地被进一步非法占用。

2. 建立沟通机制：与周边村民建立良好的沟通机制，共同维护土地的安全和稳定。这有助于形成集体力量，共同抵制非法占用土地的行为。

3. 设置标识界碑：在土地上设置明显的标识和界碑，明确土地的权属和使用范围。这有助于防止因土地界限不清而产生的纠纷和非法占用行为。

综上所述，处理农村集体土地被政府长期占用的问题需要综合运用法律、行政和社会等多种手段。在维护自己合法权益的同时，也要注重保护农村社会的和谐稳定。希望以上建议能对您有所帮助。