若农用地上建筑被没收，首先需明确没收主体及没收依据，再根据不同情况采取相应措施，具体如下：

1. 没收主体及依据

   • 没收主体：通常为县级以上人民政府土地行政主管部门（如自然资源局），在特定情况下，如涉及违法占用基本农田且情节严重，可能由农业农村主管部门参与或主导。
   • 没收依据：主要依据《土地管理法》第七十七条、第七十八条。若未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅或其他建筑物，且占用的是农用地（尤其是耕地），将面临责令退还土地、限期拆除或没收在非法占用土地上的新建建筑物及其他设施，并处罚款的处罚。

2. 应对措施

   • 核实没收合法性：
     • 确认没收决定是否由有权机关作出，且程序是否合法（如是否经过立案、调查、告知、听证等程序）。
     • 检查没收决定中引用的法律条款是否准确，是否与事实相符（如是否确实存在非法占用农用地建房的行为）。
   • 申请行政复议或提起行政诉讼：
     • 若认为没收决定违法或不当，可在收到没收决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接向人民法院提起行政诉讼。
     • 复议或诉讼期间，除非法院裁定停止执行，否则没收决定一般不停止执行。但可申请法院裁定暂停执行，以避免不可挽回的损失。
   • 配合整改与补救：
     • 若没收决定合法，应积极配合整改，如拆除违法建筑、恢复土地原状等。
     • 尝试与相关部门沟通，了解是否可通过补办手续、缴纳罚款等方式补救，以减轻或免除没收处罚。
   • 寻求法律援助：
     • 若对法律程序不熟悉或认为自身权益受到侵害，可寻求专业律师的帮助，以更好地维护自身权益。

3. 特殊情况处理

   • 若建筑已建成且投入使用：
     • 需特别注意没收决定对生产生活的影响，如涉及居住、经营等，应提前规划替代方案。
     • 尝试与相关部门协商，看是否可通过分期拆除、置换土地等方式减轻影响。
   • 若涉及多方利益：
     • 如建筑为多人共有或涉及租赁关系，需通知其他利益相关方，并共同协商应对措施。
     • 在复议或诉讼中，可申请其他利益相关方作为第三人参加诉讼，以维护共同权益。