结论：

1. 是否合法需分情况判断：工商所与执法队连续两日检查是否合法，需结合执法主体权限、检查程序合法性及是否存在重复检查的合理事由综合判断。
   
2. 应对建议：若认为检查违法，可通过要求出示执法证件、记录检查过程、申请行政复议或提起行政诉讼等方式维权。
   

一、连续两日检查是否合法的判断标准

根据《行政处罚法》《市场监督管理行政处罚程序规定》等法律，判断合法性需从以下角度分析：

1. 执法主体权限是否合法

• 工商所：通常作为市场监管部门的派出机构，若经法律授权或上级委托，可独立行使部分行政检查权（如对辖区内市场主体的日常监管）。
  
• 执法队：若为市场监管部门内设的专门执法机构（如综合行政执法队），其权限通常覆盖全领域行政处罚及检查，但需以部门名义执法。
  
• 关键点：若两日检查主体均具备合法权限，则主体层面合法；若其中一方无权限（如临时抽调的非执法人员），则可能违法。
  

2. 检查程序是否合法

• 是否出示证件：执法人员检查时需主动出示有效执法证件（《行政处罚法》第55条），否则相对人有权拒绝检查。
  
• 是否出具文书：首次检查通常需出具《检查通知书》或《询问通知书》，明确检查目的、范围及依据；若为突击检查，需事后补交手续。
  
• 是否重复检查：若两日检查内容完全相同（如重复调取同一材料、重复询问同一问题），且无新线索或合理理由，可能构成程序违法（《行政处罚法》第54条禁止“重复检查”）。
  

3. 是否存在合理事由

• 首次检查未完成：如首次检查因客观原因（如企业资料不全、设备故障）未能完成，次日继续检查属合法。
  
• 发现新线索：若首次检查后发现新违法线索（如新增证据、举报信息），次日针对新内容检查合法。
  
• 联合执法：若两部门基于同一案件需协作调查（如工商所发现涉嫌犯罪线索移交执法队），联合检查合法。
  

二、若认为检查违法，如何维权？

1. 现场应对措施

• 要求出示证件：记录执法人员姓名、单位、证件号，核对是否与检查文书一致。
  
• 拒绝非法要求：若执法人员未出示证件或超出检查范围（如要求进入私人住宅），可明确拒绝并录音录像留证。
  
• 索要书面材料：要求出具检查通知书、询问笔录等文件，核对检查依据是否充分。
  

2. 事后维权途径

• 投诉举报：向市场监管部门上级机关（如区市场监管局）投诉，要求核查检查合法性（《行政处罚法》第75条）。
  
• 申请行政复议：若检查导致权益受损（如资料被非法扣押），可在60日内向复议机关申请撤销具体行政行为。
  
• 提起行政诉讼：若复议未果，可在6个月内向法院起诉，主张检查程序违法并要求赔偿（《行政诉讼法》第12条）。
  

三、实务建议

1. 保留证据：保存检查通知书、询问笔录、现场照片/视频等材料，作为维权依据。
   
2. 咨询专业律师：若涉及复杂程序（如联合执法、刑事移送）或重大利益（如企业停产整顿），建议委托律师介入分析。
   
3. 配合合法检查：若检查程序合法，企业应配合提供材料，避免因抗拒执法被处罚。
   

提示：法律对行政检查的程序要求严格，但实务中“重复检查”的认定需结合具体证据。若有疑问，可直接向我提供检查文书、现场情况等细节，我将进一步分析合法性。