核心结论：员工休假时带走考勤卡导致无法做考勤，工资发放需结合公司考勤制度、员工行为性质及双方协商情况综合处理，具体如下：

1. 优先依据公司考勤制度处理
   若公司有明确的书面考勤制度（如员工手册、劳动合同附件等），且制度中规定“考勤记录是工资核算的唯一依据”或“员工需配合提供考勤证明”，则可按制度执行：

   • 制度合法前提：需确保考勤制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示告知员工，否则可能因程序违法被认定无效。
     
   • 操作建议：若制度合法，可暂按员工上月出勤情况或同类岗位平均出勤预发工资，待员工返岗后补交考勤卡或提供其他证明（如休假审批单、交通票据等）后，再核算实际工资并多退少补。
     

2. 员工行为性质影响处理方式

   • 故意带走考勤卡：若员工为逃避考勤或制造虚假考勤而故意带走卡片，可能构成严重违反公司规章制度（如《劳动合同法》第39条规定的“严重违纪”），公司可据此解除劳动合同且无需支付经济补偿，但需承担举证责任（如监控录像、同事证言等）。
     
   • 无意带走或遗忘：若员工因疏忽带走卡片，公司应先与员工沟通补救措施（如远程提供休假证明），而非直接扣发工资，否则可能涉嫌克扣工资（违反《工资支付暂行规定》第15条）。
     

3. 协商与替代方案

   • 协商处理：公司可与员工协商，要求其通过邮件、微信等方式提交休假期间的证明材料（如医院病假证明、旅行机票等），作为临时考勤依据。
     
   • 技术替代：若公司使用电子考勤系统（如指纹、人脸识别），可优先采用电子记录；若仅依赖考勤卡，可要求员工返岗后立即补交卡片并说明情况，避免影响工资发放。
     

4. 法律风险防范

   • 工资发放底线：即使考勤记录缺失，公司也需按劳动合同约定或实际出勤情况支付工资，不得以“无考勤”为由拒发（违反《劳动法》第50条）。
     
   • 制度完善建议：公司可修订考勤制度，明确“员工休假需提前报备并留存证明”“考勤卡遗失或损坏的补办流程”等内容，减少后续纠纷。
     

总结：公司应首先核查考勤制度的合法性，再根据员工行为性质选择协商、补救或纪律处分措施，同时确保工资发放符合最低标准。若涉及复杂情况（如员工拒不配合、制度存在漏洞），可进一步向我咨询具体操作方案。