结论：公司签协议将工资作为股本金是否合法，需分情况讨论，主要取决于协议内容是否符合法律规定以及双方的真实意思表示。

1. 合法情形

• 双方自愿且协议内容合法：如果员工与公司之间签订的协议是双方真实意思的表示，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。在这种情况下，将工资作为股本金是合法的，但需注意，这种操作可能涉及到工资支付方式的变更，需要确保员工的知情权和同意权，且不得违反最低工资标准等法律规定。
• 符合股权激励计划：如果公司有正式的股权激励计划，并且该计划已经得到了相关监管机构的批准或备案，同时员工也明确同意将其部分工资作为股本金投入公司，那么这种操作也是合法的。股权激励计划通常会有明确的条款和条件，包括股本金的计算方式、支付时间、股权的归属和行使等，这些都需要在协议中明确约定。

2. 不合法情形

• 违反最低工资标准：根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果公司将员工的全部或部分工资作为股本金，导致员工实际收到的工资低于最低工资标准，那么这种操作是违法的。
• 未征得员工同意：如果公司未经员工同意，单方面决定将员工的工资作为股本金，或者通过欺诈、胁迫等手段迫使员工同意，那么这种操作也是违法的。员工的工资是其劳动所得，公司无权擅自处置。
• 协议内容违法或违背公序良俗：如果协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，如涉及非法集资、传销等违法行为，那么该协议是无效的，将工资作为股本金的操作也是违法的。

法律建议：

• 明确协议内容：如果公司打算将员工的工资作为股本金，应当与员工签订明确的协议，详细约定股本金的计算方式、支付时间、股权的归属和行使等条款，确保双方的权利和义务得到明确保障。
• 遵守法律法规：公司在操作过程中应当严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的工资不低于最低工资标准，且不得通过欺诈、胁迫等手段迫使员工同意。
• 咨询专业律师：由于涉及复杂的法律问题，建议公司在操作前咨询专业律师的意见，以确保操作的合法性和有效性。

可能后果：

• 如果操作合法：双方按照协议约定履行义务，员工获得相应的股权，公司获得资金支持，实现双赢。
• 如果操作违法：员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及相应的经济补偿。同时，公司还可能面临行政处罚或刑事责任的风险。

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