三班两运转十二小时制在未经特殊审批的情况下，通常违反《中华人民共和国劳动法》的规定。以下从不同角度进行详细分析：

一、标准工时制度下的违法性

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。三班两运转十二小时制明显超出了每日八小时的工作时间限制，因此，在未经特殊审批的情况下，该工作模式构成违法。

二、延长工作时间的限制

《劳动法》第四十一条规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。三班两运转十二小时制很可能导致员工每日工作时间远超这一限制，因此，在未经特殊审批的情况下，该工作模式同样构成违法。

三、特殊工时制度的适用性

对于某些特殊行业或岗位，如铁路、航空、电力等，可能需要实行综合计算工时工作制或不定时工作制。然而，这些特殊工时制度必须经过劳动行政部门的审批，并在保障劳动者身体健康的基础上实施。如果用人单位未经审批擅自实行三班两运转十二小时制，则构成违法。

四、加班费支付与劳动者权益保护

如果三班两运转十二小时制导致劳动者工作时间超出法定标准，用人单位应当依法支付加班费。具体支付标准如下：

• 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
• 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
• 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

此外，用人单位还需确保劳动者的其他合法权益得到保障，如提供足够的休息时间和用餐时间、提供符合国家规定的劳动安全卫生条件和必要的劳动防护用品等。

五、法律后果与建议

如果用人单位违反《劳动法》的规定，实行三班两运转十二小时制，可能面临以下法律后果：

• 行政处罚：由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可以处以罚款；
• 民事赔偿：劳动者有权要求用人单位支付加班费、经济补偿金等；
• 刑事责任：在极端情况下，如果用人单位的违法行为达到刑事犯罪的程度，相关责任人员可能承担刑事责任。

建议：用人单位若希望采用三班两运转十二小时制的工作模式，应首先向劳动行政部门申请综合计算工时工作制或不定时工作制，并确保在实际操作中严格遵守相关法律法规，包括工时计算、加班报酬支付以及劳动者权益保护等方面。同时，劳动者也应了解自己的合法权益，并在权益受到侵害时及时通过法律途径维护自己的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。